پیش‌بینی آثارsnpهای غیرمترادف ژن استروژن رسپتور بر ساختار و عملکرد پروتئین آن در گاومیش‌ خوزستانی

پیشرفت‌های اخیر در توالی‌یابی dna و الگوریتم‌های محاسباتی منجر به تشخیص snpهایی با ارزش بالاتر شده است. در این تحقیق از چندین الگوریتم محاسباتی برای بیان تاثیر snp‌های ژن استروژن رسپتور آلفا (esrα) بر عملکرد پروتئین در ژنوم گاومیش استفاده شد.در این بررسی از تراشه affymetr x90ksnp در112 گاومیش خوزستانی استفاده شده است. دو snp (argen n43h sted n,thron n15alan n) برای ژن esrα یافت شد. آنالیز اینsnpها با استفاده از سرورهای s ft ،panther و provean انجام گردید. s ft با محاسبه ضریب صفر اثر snpها را مخرب و موثر بر عملکرد پروتئین پیش‌بینی کرد و panther برای دو snp اثرات مخرب و موثر بر عملکرد پیش‌بینی کرد. الگوریتم provean با محاسبه ضریب 0/08- برای snpthron n15 alan n و با محاسبه امتیاز 10/13 برای snpargen n43h sted n اثرات این snp را طبیعی پیش‌بینی کرد. برای بررسی بیشتر اثرات این snpها بر پایداری پروتئین و استحکام ازالگوریتم i-mutant استفاده شد. الگوریتم i-mutant تاثیر snp بر پایداری پروتئین را با کمک رگرسیون و براساس تغییر در انرژی آزاد (0/49=ddg) پیش‌بینی کرد. snpthron n15alan n در دمای25 درجه و 7=ph ثبات پروتئین را کاهش می‌دهد. snpargen n43h sted n با محاسبه امتیاز (0/53=ddg) ثبات پروتئین را کاهش می‌دهد. مدل‌سازی پروتئین esrα با سرور itaser انجام شد. اعتبارسنجی مدل‌ها به‌کمک نقشه‌های راماچاندران و سرور pro-saحاکی از انحراف پروتئین جهش‌یافته در مقایسه با مدل طبیعی است. مقایسه نتایج داکینگ در دو مدل، نشاند‌هنده‌ی تغییر غیرمستقیم آمینواسیدهای درگیر در اینترکشن در مدل جهش‌یافته است.snpها در اکتیوسایت نمی‌باشند ولی با تغییر ساختار پروتئین، به طور غیرمستقیم بر آمینواسیدهای درگیر در اینترکشن تاثیرگذار بوده‌اند و باعث کاهش میل اتصالی لیگاند در مدل جهش‌یافته شده‌اند.