کاهش بیان ژن‌های دخیل در سنتز کراتین در بیماران مبتلا به لیشمانیوز جلدی

سابقه و هدف: در بسیاری از کشورها، از جمله ایران، لیشمانیوز جلدی یک بیماری شایع و در حال افزایش است. درمان مناسب و سریع بسیاری از این بیماران، بعلت عدم آشنایی کافی با عواملی که در پاتوژنز لیشمانیوز جلدی نقش دارند، بسیار مشکل است. با استفاده از روش های توالی یابی rna با کارایی بالا و بررسی نحوه بیان ژن های مختلف در بافت های گوناگون، افق جدیدی بر روی شناسایی عوامل پاتوژنز بیماریها و بدست آوردن روش های درمانی جدید باز شده است.مواد و روش ها: این مطالعه در دو بخش بیوانفورماتیکی و بالینی انجام شد. مرحله اول تحقیق بر روی دیتای gse127831  از سایت ncbi انجام گرفت. بعد از فیلتراسیون های اولیه،  آنالیز های dges و  gene ontology  بر روی ژن های بدست آمده انجام گرفت. در بخش بالینی، میزان بیان نسبی ژن های منتخب در مرحله قبلی در 27 نمونه پوستی حاصل از اطراف زخم لیشمانیوز و 12 نمونه سالم پوست، بروش qpcr ، اندازه گیری شد.یافته ها: آنالیزهای بیوانفورماتیکی نشان می دهد فعالیت عمده یک صد ژن اول از لیست ژن هایی که بیشترین کاهش بیان را در زخم های لیشمانیوز دارند مربوط به ژن های کد کننده انواع پروتیین های کراتین می باشد و مسیر ژنتیکی تشکیل فیلامان های داخل بافتی بیشتر از همه تحت تاثیر قرار می گیرد. تعداد زیادی از ژن های فعال در ساخت کراتین، کاهش بیان شدید و معنی داری در طی  لیشمانیوز جلدی پیدا می کنند. اندازه گیری سطح بیان ژن های  krtap11-1  و krt33b و krt85 و krt35 و krt86  و krt81  که بیشترین کاهش را در مرحله بیوانفورماتیک نشان داده بودند نشان دهنده هماهنگی نتایج مراحل بیوانفورماتیکی و بالینی می باشد. هر چند مقدار کاهش بیان در نمونه های ما کمتر بود.نتیجه گیری:  یکی از علل اصلی ایجاد زخم های دیر بهبود یابنده در لیشمانیوز پوستی کاهش بیان گروه خاصی از ژن ها می باشد که مسئول تولید کراتین میباشند. کراتین مولکولی مهم در ساخت و نگه داری از بافت اپیتلیال و پوست می باشد.

decreased expression of genes involved in keratin synthesis in patients with cutaneous leishmaniasis

aim and background: in many countries، including iran، cutaneous leishmaniasis is a common and increasing disease. proper and quick treatment of many of these patients is very difficult due to insufficient familiarity with the factors that play a role in the pathogenesis of cutaneous leishmaniasis. by using high-performance rna sequencing methods and investigating the expression of different genes in different tissues، a new horizon has been opened on the identification of disease pathogenesis factors and obtaining new treatment methods.material and methods: this investigation was divided into two phases. data from the ncbi website، gse127831 were used for the bioinformatics analysis. we conducted investigations of gene ontology and differential gene expression. in the clinical investigation، we used qpcr to assess the expression of the genes identified in the previous stage in 27 skin samples taken from wounds caused by cutaneous leishmaniasis and 12 healthy skin samples.results: according to our bioinformatics investigations، the first 100 genes with the highest drop in expression in leishmaniasis wounds are mostly involved in the production of different keratin proteins. they are mostly involved in intermediate filaments organization. the qpcr test showed that the expression of krtap11-1، krt33b، krt85، krt35، krt86، and krt81 genes was greatly reduced. it shows the coordination of the results of bioinformatics and laboratory stages.conclusion: the downregulation of a specific set of genes involved in keratin formation is one of the key factors contributing to the poor healing of wounds in cutaneous leishmaniasis. keratin is a crucial chemical in developing and maintaining epithelial tissue and skin.