بررسی الگوی ترجیح کدونی و ارتباط آن با ژن‌هایی با بیان متفاوت در بین دو جمعیت گاوهای خالص و آمیخته سیستانی و مونت‌بیلیارد

هدف از پژوهش حاضر، بررسی الگوی ترجیح کدونی و ارتباط آن‌ها با بیان ژن برای ژن‌های با بیان متفاوت در بین نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونت‌بیلیارد بود. در این مطالعه، از نتایج تجزیه بیان ژن افتراقی با استفاده از فن‌آوری rna-seq مربوط به نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونت‌بیلیارد (دو تیمار و هر تیمار دو تکرار بیولوژیک) استفاده شد. به همین منظور پس از تعیین نواحی orf برای این ژن‌ها، از نرم‌افزار codonw جهت برآورد شاخص‌های الگوی ترجیح کدونی ازجمله cai، enc، gc و gc3s استفاده شد. تجزیه ترجیح کدونی برای نواحی orf ژن‌های با بیان متفاوت، وجود همبستگی بالا و معنی‌داری (0/74) بین مقادیر شاخص gc کل و gc3s نشان داد. هم‌چنین همبستگی بالا و معنی‌داری بین مقادیر enc با gc کل و gc3stو (0/65و0/77)  مشاهده شد که نشان‌دهنده‌ی نقش جهش در شکل‌گیری کدون‌ها می‌باشد. بر اساس نتایج بدست آمده در این پژوهش، عواملی ازجمله مقدار gc، جهش و سطح بیان ژن نقش مهمی در شکل‌گیری کدون‌ها در ژن‌های موردمطالعه در این تحقیق داشتند. این مطالعه اولین مقایسه بین گاوهای خالص و آمیخته سیستانی و مونت‌بیلیارد می‌باشد که به درک بهتر ساز وکارهای تکاملی شکل‌گیری الگوی ترجیح کدونی و نیز بررسی ارتباط آن با بیان ژن کمک می‌کند.

Evaluation of Codon usage pattern and its relation with differentially expressed genes between two populations of purebred and crossbreed Sistani and Montbeliarde cows

The aim of the present study was to investigate the codon usage pattern and their relationship with gene expression for genes with different expression between pure and crossbreed Sistani and Montbeliared breed. In this study, the results of differential gene expression analysis using RNA-Seq technology between pure and crossbreed Sistani and Montbeliared breed (two pure and two its crossbreed) were used. For this purpose, after determining the ORF regions for these genes, CodonW software was used to estimate codon usage pattern indices including CAI, ENC, GC and GC3s. Results showed that there was a significant correlation between total GC and GC3s (0.74). There was also a significant correlation between ENC and GC and GC3s (0.65, 0.77), indicating the role of mutation in codon formation. Based on the results of this study, the factors such as nucleotide composition (GC content), mutation, and gene expression level played important roles in codon formation in the genes studied in this study. This study is the first comparison between pure and crossbreed Sistani and Montibilliard samples, which helps to better understand the evolutionary mechanisms of codon usage pattern formation and its association with gene expression.