شناسایی lncrnaهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش rna-seq

هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی rnaهای غیررمزکننده بلند (lncrnas) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج rna از چهار نمونه‌ عضله سینه در سن 28 روزگی، توالی‌یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine hiseq 2000 انجام شد. برای هم ترازی خوانش‌ها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرم افزار hisat2 و جهت سرهم‌بندی رونوشت ها از بسته نرم افزاری stringtie استفاده شد. در مجموع 1097 lncrna شناسایی شد که از این تعداد 925 ژن و رونوشت بین ژنی (اینترژنی) و 172 ژن و رونوشت اینترونی بودند. همچنین تعداد lncrnaهای جدید شناسایی شده در دو گروه بین ژنی و اینترونی به‌ترتیب 432 و 128 بود. آنالیز بیان افتراقی ژن منجر به شناسایی 19 ژن و 20 رونوشت با تفاوت بیان معنا‌دار بین دو گروه شد. بررسی جایگاه‌های ژنی lncrnaهای با تفاوت معنا‌دار، نشان داد که این ژن ها در مجاورت 45 ژن رمزکننده پروتئینی قرار دارند. از این تعداد بیان پنج ژن رمزکننده پروتئینی (ژن scd در جوجه تجاری و ژن‌های galnt15، klhdc4، usp7 و asb1 در مرغ بومی) که روند بیان آنها هم سو با بیان lncrnaهای هم‌جوارشان بود بین دو نژاد تفاوت معنا‌دار داشتند. بررسی عملکردی این ژن ها نشان داد  که همگی در رشد عضله اسکلتی موثر هستند.  نتایج حاصل از این پژوهش  نشان داد، lncrnaهای شناسایی‌شده، احتمالاً پتانسیل تنظیم ژن های درگیر در رشد عضله اسکلتی را داشته و می توانند بخشی از تفاوت در سرعت رشد مشاهده‌شده بین دو نژاد مرغ مورد بررسی را توجیه نمایند.

Identification of LncRNAs related to growth of chicken’s breast muscle using RNAseq

This experiment was carried out to identify lncRNAs associated with skeletal muscle of the Isfahan native chicken and the Ross 708 commercial broiler chicken. To do this, after extraction of RNA from the breast muscle samples at the age of 28 days, pairedend sequencing was performed using the Illume Hiseq 2000 platform. Hisat2 software was used to align the clean reads to the chicken reference genome and the Stringtie software was used to assemble the transcripts. A total of 1097 lncRNAs were identified as 925 of which were intergenic and 172 were intronic. Also, the number of novel LncRNAs in intergenic and intronic groups were 432 and 128, respectively. Differential gene expression analysis led to the identification of 19 genes and 20 transcripts differentially expressed lncRNAs between two groups. Syntenic analysis showed that differentially expressed lncRNAs are located near by 45 protein encoding genes. Of these, the expression of five gene coding proteins (SCD gene in commercial chickens and GALNT15, KLHDC4, USP7 and ASB1 genes in native chicken) whose expression was consistent with the expression of their lncRNA were significantly expressed between two breeds. Functional enrichment analysis of these genes showed that all of them are involved in the skeletal muscle growth. The results of this study showed that the identified lncRNAs probably have the potential to regulate the genes involved in skeletal muscle growth. In this regard, they possibly cause the differences in growth rates between the two chicken breeds.