بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط با جانهی داده ژنومی شبیه سازی شده با استفاده از مدل های حیوانی مختلف

هدف از این تحقیق ارزیابی مدل های تکصفتی و چندصفتی در سناریوهای مختلف ژنومی با در نظر گرفتن جانهی جهت برآورد صحت پیش بینی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (g × e) بود. داده‌های ژنومی با تعداد متفاوت جایگاه های صفات کمی (90 و 900) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیاد =ld ) برای تراکم k50 شبیه‌سازی شدند. سپس به‌طور تصادفی 90 درصد نشانگرها حذف و در مرحله بعد این نشانگرها از طریق نرم‌افزار flmpute (نسخه 2.2) جانهی شدند. میانگین صحت جانهی در سناریوهای با ld زیاد و کم به‌ترتیب 0.976 و 0.943 بود. در همه سناریوهای شبیه‌سازی‌شده تفاوت جزئی بین صحت ژنومی داده‌های اصلی و جانهی مشاهده شد. صحت ژنومی با کاهش سطح ld، وراثت پذیری و همبستگی ژنتیکی بین صفات کاهش یافت. استفاده از مدل چندصفتی نسبت به مدل تک صفتی باعث افزایش صحت ژنومی شد. سطح ld و همبستگی ژنتیکی بین محیط های مختلف، در صورت وجود اثر متقابل محیط و ژنوتیپ نقش مهمی را ایفا کردند. لحاظ کردن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط و تاثیر آن بر افزایش صحت ژنومی از یک طرف و جانهی تراشه‌های با تراکم کم به تراکم زیاد (خصوصاً در سناریوهای با ld بالا) جهت کاهش هزینه‌های ژنومی از طرف دیگر، می‌تواند راه حل مناسب و کاربردی جهت بهبود انتخاب ژنومی باشد.