تاثیر افزایش تراکم نشانگرها بر صحت پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی

در این مطالعه، ژنومی متشکل از 3 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی مورگان شبیه‌سازی شد. تعداد متفاوت نشانگر روی هرکروموزم با تراکم مختلف (100 نشانگر با فواصل 1 سانتی مورگان، 200 نشانگر با فواصل 5/0 سانتی مورگان، 1000 نشانگر با فواصل 1/0 سانتی مورگان و 2000 نشانگر با فواصل 05/0) در نظر گرفته شد. 30 مکان صفت کمّی یا qtl که بطور تصادفی روی کروموزوم پراکنده شده بودند، شبیه‌سازی شدند. جمعیتی با اندازه موثر 100 فرد (50 نر و 50 ماده) شبیه‌سازی شدند. این ساختار جمعیتی برای 50 نسل با آمیزش تصادفی ادامه یافت تا عدم تعادل پیوستگی مورد نظر بین نشانگرها و qtlها بوجود آید. بعد از 50 نسل آمیزش تصادفی، اندازه جمعیت به تعداد 1000 فرد (500 نر و 500 ماده) در نسل 51 گسترش یافت. این اندازه جمعیت برای 8 نسل بعدی (تا نسل 58) ثابت ماند. برای افراد نسل 51 و 52 فنوتیپ با وراثت پذیری 5/0 و 1/0 شبیه‌سازی شد. از اطلاعات فنوتیپی این افراد جهت برآورد اثرات نشانگرها استفاده شد و صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی در افراد این دو نسل و نسل‌های بعدی محاسبه گردید. نتایج آزمایش اول نشان داد که برای صفات با وراثت‌پذیری بالا هرچه تراکم نشانگرها بیشتر باشد، صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی نیز بیشتر است. اما برای صفات با وراثت پذیری پایین افزایش تراکم نشانگری تا یک میزان مشخص (تراکم نشانگری با فواصل 1/0 سانتی مورگان) باعث افزایش صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی می‌شود و افزایش تراکم نشانگری بیش از آن سبب کاهش صحت برآوردها می‌شود. نتایج آزمایش دوم که در آن تنها از اطلاعات فنوتیپی نیمی از افراد نسل‌های 51 و 52 جهت برآورد اثرات نشانگرها استفاده شده بود، نشان داد که با کاهش تعداد افراد در این گروه صحت برآوردها نیز کاهش می‌یابد. در هر دو آزمایش، صحت برآوردها در صفات با وراثت پذیری بالا در تراکم نشانگری یکسان بیشتر از صفات با وراثت پذیری پایین بود. نتایج این مطالعه نشان داد که صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی پس از گذشت نسل‌ها از نسل‌هایی که آثار نشانگری در آنها برآورد شده است، بتدریج کاهش می‌یابد.