بررسی پروفایل بیانی سلول های روده آلوده به کریپتوسپوریدیوم پارووم با استفاده از بیوانفورماتیک

مقدمه: پاتوژن ها مکانیسم‌های سلولی میزبان را تحت تاثیر قرار می‌دهند تا بتوانند توانایی‌های سلول میزبان را در مسیر عفونت قرار دهند. کریپتوسپوریدیوم پارووم در اﻓﺮاد ﻣﺒﺘﻼ ﺑﻪ اﻳﺪز و اﻓﺮاد دارای ﺿﻌﻒ ﺳﻴﺴﺘﻢ اﻳﻤﻨﻲ اﻳﺠﺎد ﻣﺸﻜﻼت ﺻﻔﺮاوی ﺷﺪﻳﺪ و اﺳﻬﺎل ﺣﺎد و ﻛﺸﻨﺪه ﻣﻲ ﻧﻤﺎﻳﺪ و ﺑﻪ ﻋﻨﻮان ﭘﺎﺗﻮژن روده ای ﻣﻬﻢ در اﻧﺴﺎن و برخی پستانداران ﺷﻨﺎﺧﺘﻪ ﺷﺪه و ﻫﻢ ردﻳﻒ ﺑﺎ ﺳﺎﻟﻤﻮﻧﻼ، ﺷﻴﮕﻼ و ﺳﻮﻳﻪﻫﺎی اﻧﺘﺮوﺗﻮﻛﺴﻲ ژﻧﻴﻚ اﺷﺮﺷﻴﺎﻛﻠﻲ ﻗﺮار ﻣﻲ ﮔﻴﺮد. باید توجه داشت که سلول‌های روده‌ انسان در اثر آلودگی و عفونت با کریپتوسپوریدیوم پارووم دچار تغییرات عمده در فعل و انفعالات میزبان انگل به خصوص تغییر در بیان ژن‌های مربوطه می‌گردد. هدف از انجام این تحقیق شناسایی اثرات تغییر پروفایل بیانی ژن‌ها در سلول‌های hct-8 آلوده به کریپتوسپوریدیوم پارووم بر واکنش متقابل میزبان انگل بود. در این تحقیق تخمینی از میزان ژن های درگیر در فرایندهای بیولوژیکی و در روند آلودگی سلولهای روده به کریپتوسپوریدیوم پارووم به دست آمد.مواد و روش ها: به منظور انجام مطالعات مورد نظر از اطلاعات ثبت شده در پایگاه داده‌هایgeo در وب سایت ncbi که توسط محققین دانشگاه هوستن تگزاس آمریکا قرار داده شده بود استفاده شد. اطلاعات خام با نرم افزارهای مختلف و با استفاده از پایگاه های اینتزنتی مورد خوانش، پیش پردازش و پردازش قرار گرفتند.نتایج: در بررسی های انجام شده مشخص شد که بیان ژن های دخیل در آلودگی رده سلولی hct-8 به وسیله کریپتوسپوریدیوم پارووم تحت تاثیر قرار می گیرند و به طبع آن برخی از ژن ها بیش از حد و برخی از ژن ها کم تر از حد بیان می شوند. نتایج حاصل از این مطالعه نشان می‌دهد که بیش‌ترین ژنهای درگیر در فرایندهای بیولوژیکی مربوط به ارتباطات سلول - انگل و کم ترین ژن‌های درگیر در ارتباط با مرگ سلولی(آپوپتوز) و تکثیر dna می باشند.بحث و نتیجه گیری: بررسی نتایج حاصل از این تحقیق نشان می دهد که ژن های مختلفی تحت تاثیر عفونت دچار تغییر در بیان می شوند که هر کدام می توانند موجب فعال شدن عوامل مختلف و مسیرهای متفاوتی در راستای عفونت شوند و به عنوان اهداف دارویی و واکسن در آینده مورد توجه قرار گیرند.

evaluation of expression profile of intestinal cells infected withcryptosporidium parvum using bioinformatics

introduction: pathogens affect host cellular mechanisms in order to impair thecapabilities of the host cell in the path of infection. cryptosporidium parvum in peoplewith aids and people with weakness of the immune system creates severe bile and acutediarrhea, and is known as an important intestinal pathogen in humans and some of themammals and rows with salmonella, shigella and enterotoxic genetic strains ofescherichia coli it takes. from the point of view of cellular genetics, it should be notedthat human intestinal cells due to infection with cryptosporidium parvum undergo majorchanges in host-parasite interactions, especially changes in the expression of relevantgenes. the aim of this study was to identify the effects of altering the expression profileof genes in hct-8 cells infected with cryptosporidium parvum on host-parasiteinteraction. in this study, an estimate of the amount of genes involved in biologicalprocesses and in the process of intestinal cell infection with cryptosporidium parvum wasobtained.materials & methods: in order to carry out the studies, the data recorded in the geodatabase on the ncbi website, which was placed by researchers at the university ofhouston, texas, usa, were used. raw data were read, pre-processed and processed usingvarious software and online databases.results: studies have shown that the expression of genes involved in hct-8 cell lineinfection is affected by cryptosporidium parvum, and that some genes are over-expressedand some are under-expressed. the results of this study show that the most genes involvedin biological processes are related to cell-parasite communication and the least genes areinvolved in cell death (apoptosis) and dna replication.conclusion: the results of this study show that different genes under the influence ofinfection change in expression, each of which can activate different factors and differentpathways in the direction of infection and be considered as future drug and vaccine targets.