بررسی تفاوت توزیع آماری اثرات مارکرهای چندشکلی تک نوکلئوتیدی، بر اریبی ناشی از پیش انتخاب حیوانات، برای ژنوتیپ شدن در انتخاب ژنومیک

مقدمه: اریبی ناشی از انتخاب یک مسئله جدی در برآورد ارزش های اصلاحی است. با توجه به اینکه در انتخاب ژنومیک یک مرحله انتخاب برای ژنوتیپ کردن گوساله های جوان به مراحل قبلی اضافه می شود، لذا میزان اریبی برآورد ارزش های اصلاحی می تواند در انتخاب ژنومیک بیش تر از زمانی باشد که انتخاب براساس آزمون نتاج می باشد. این پژوهش، مقایسه روند اریبی برآورد ارزش های اصلاحی پیش انتخاب حیوانات به روش انتخاب ژنومیک با دو توزیع نرمال و گاما برای اثراتsnpها در طی نسل های متوالی است و میزان، شدت و روند اثر پیش انتخاب برای ژنوتایپ کردن گوساله های نر و ماده بر اریبی برآورد ارزش های اصلاحی پدران که رگرسیون ارزش های اصلاحی واقعی بر روی ارزش های اصلاحی برآورد شده آن ها به عنوان معیار اریبی درنظر گرفته شده است.مواد و روش ها: شبیه سازی جمعیت اولیه و تاریخی در قالب دو سناریوی انتخاب در سه صفت متفاوت با h2 متفاوت در10 نسل متوالی توسط دو سناریوی شدت انتخاب 10 درصد و 50 درصد و تعداد سه گونه qtl برصحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی با نرم افزار qmsim شبیه سازی شد و در محاسبه کدها از r استفاده شد.نتایج: رگرسییون ارزش های اصلاحی واقعی بر روی بر ارزش های اصلاحی برآورد شده در نسل اول که ژنوتایپینگ آن ها به طور تصادفی بود، درحدود عدد یک و نااریب بود؛ ولی با اعمال انتخاب براساس ارزش های اصلاحی برتر از نسل دوم به بعد، باعث ایجاد اریبی گردید. با افزایش تعداد نسل های انتخاب متوالی، میزان اریبی نیز افزایش می یابد اما نرخ تغییر در این اریبی بعد از نسل دوم به طور چشمگیری کاهش یافت و تقریباً درنسل چهارم ثابت ماند که می تواند به دلیل کاهش واریانس ژنتیکی و فنوتیپی در نتیجه انتخاب مداوم باشد که از آن به عنوان اثر بولمر یاد می شود.بحث و نتیجه گیری: نتایج نشان دادند که در هر دو توزیع آماری بررسی شده میزان و شدت اریبی و روند آن تقریباً یکسان بوده و تفاوت در توزیع آماری اثرات باعث تفاوت در میزان و روند اریبی نخواهد شد. هم چنین با توجه به تثبیت میزان اریبی در نسل های 4 به بعد می توان با استفاده از یک تصحیح کننده مقیاس نسبت به تصحیح میزان اریبی از نسل های 4 به بعد اقدام نمود.

investigation of the statistical distribution of the effects of single nucleotidepolymorphic markers on the bias caused by pre-selection of animals forgenotyping in genomic selection

introduction: the bias in the selection of superior animals and accurate prediction ofhereditary values of animal offspring selected in future generations is one of the importanttopics of breeding; therefore, the study of oblique trends in successive generations can beeffective in the method of unbiased selective animals in the future. the statisticaldistribution of the effects of single nucleotide markers can be different in different traits andoccupy a range from the normal distribution to the gamma distribution; therefore, the studyof the amount of bias caused by pre-selection for different traits can be different accordingto their genetic structure.the purpose of this study was to investigate the effect of statistical distribution of the effectsof snps on the biased process of estimating breeding values resulting from pre-selection ofanimals by genomic selection method. the statistical distributions studied included twodistributions of normal and gamma, the biased trend of each of which was studied duringconsecutive generations. the bias criterion includes the regression of actual correctionvalues on the estimated correction values.materials & methods: initial simulation and historical population in the form of twoselection scenarios in three different traits with different heritability in 10 consecutivegenerations by two selection scenarios of 10% and 50% and the number of three qtlspecies were simulated accurately to estimate genomic breeding values using qmsimsoftware. the need for calculations was analyzed using r software.results: the regression of tbvs on their gebvs in the first generation whose genotypingwas random was about one and unbiased; but by making choices based on superior breedingvalues from the second generation onwards it created a bias. as the number of consecutiveselection generations increases so does the amount of bias but the rate of change in this biasdecreased dramatically after the second generation and remained almost constant in thefourth generation which could be due to a reduction in genetic and phenotypic variance asa result of continuous selection known as the bolmer effect.conclusion: the results showed that in both statistical distributions, the amount andintensity of bias and its trend are almost the same and the difference in the statisticaldistribution of effects will not cause a difference in the amount and trend of bias. moreover,due to the stabilization of the amount of bias in the 4th generation onwards, it is possible tocorrect the amount of bias from the 4th generation onwards by using a scale corrector.