مطالعه تنوع و ذخایر ژنتیکی قوچ و میش ارمنی (Ovis Orientalis) در شمال غربی ایران با استفاده از تراشه های میکروآرای Dna و توالی کامل ژنوم

قوچ و میش های ارمنی (ovis orientalis) غرب ایران به دلایلی از جمله شکار غیرمجاز و تخریب زیستگاه در فهرست سرخ iucn  در رده آسیب پذیر قرار گرفته و از سویی به عنوان نیای اجدادی نژادهای اهلی گوسفند (ovis aries) سراسر دنیا ارزش فراملی دارند. در این مطالعه با استفاده از توالی یابی کل ژنوم و چیپ های beadchip ovine snp 50k تنوع و ذخایر ژنتیکی جمعیت های قوچ و میش ارمنی شمال غرب ایران (آذربایجان غربی و شرقی، کردستان، مرکزی، همدان، قزوین) به عنوان خاستگاه اهلی سازی گوسفند، شناسایی و با گوسفند­های اهلی همان مناطق مقایسه شد. تعداد snp های کل ژنوم، ضریب درون آمیزی و ژنتیک لود بر اساس داده  های ژنوم کامل، هم چنین هتروزیگوسیتی مورد انتظار به عنوان پارامترهای مرتبط با تنوع ژنتیکی بین دو گروه اهلی و وحشی مقایسه شدند. براساس نتایج به دست آمده تعداد snp های تفکیک کننده به عنوان مهم ترین پارامتر تقریباً 24 میلیون برای گروه وحشی و در حدود 20 میلیون برای گروه اهلی محاسبه شد که اختلاف چشمگیری را نشان داد. با توجه به یافته های تنوع نوکلئوتیدی ژنوم، تنوع ژنتیکی بر اساس داده های ژنوم کامل در گروه وحشی نسبت به گروه اهلی بیش تر بود. بر اساس نتایج مطالعه حاضر قوچ و میش ارمنی با داشتن میزان بالای تنوع ژنتیکی به عنوان ذخایر ژنتیکی برای نژادهای اهلی تمامی گوسفندان اهلی دنیا ارزش حیاتی دارند و باید در اولویت برنامه های حفاظتی قرار بگیرند.

Investigation of genetic diversity and genetic resources of mouflon (Ovis orientalis) and its domestic breeds (Ovis aries) in the north-west of Iran based on whole genome sequences and BeadChip Ovine SNP 50K

Iran’s mouflons (Ovis orientalis) populations have been declined in western regions because of poaching and habitat destruction and categorized as vulnerable in IUCN red list, this population as ancestors of domestic sheep (Ovis aries) breeds all around the world has an international importance. In this study, genetic diversity and structure of mouflons in the north-west of Iran (West Azerbaijan, East Azerbaijan, Kurdistan, Markazi, Hamedan and Qazvin) identified and compared with the domestic breeds via whole genome sequencing and BeadChip Ovine SNP 50K Data. Number of SNPs all over the genome, genetic load and inbreeding coefficient based on whole genome data, as well as expected heterozygosity and inbreeding coefficient as genetic diversity parameters based on c BeadChip data have been compared between wild and domestic groups. Number of discriminator SNPs as the most important parameters showed impressive difference and was calculated about 24 million for wilds and 20 million for domestics. According to the findings of nucleotide diversity for the whole genome, genetic diversity based on complete genome data was higher in the wild group than in the domestic group. Based on the results of this study, mouflon (Ovis orientalis) with high levels of genetic diversity as genetic resources for domestic breeds of all domestic sheep in the world are of vital value and should be given priority in conservation programs.