بهینه سازی استخراجdna از نمونه های جانوری موزه ای و قدیمی شامل پوست و استخوان پستانداران با روش اصلاحی فنل‌کلروفرم (‌مطالعه موردی: فوک خزر)

امروزه مطالعه dna نمونه های موزه ای به دلیل اطلاعات مفیدی که دراختیار محققان قرار می دهد، از اهمیت خاصی برخوردار است. علاوه بر این، از آن جا که محتوای ژنتیکی این نمونه ها به دلیل مرور زمان بسیار شکننده و بعضاً غلظت شان نیز بسیار اندک است، از گذشته تاکنون نیاز به روش‌ های موثرتر همراه با بازدهی بالاتری برای استخراج‌ کمی و کیفی مطلوب احساس می‌ شد. از این ‌رو محققان بسته به گونه یا بافت هدف، اغلب با اصلاح و بهینه ‌سازی پروتکل‌ های استخراج به دنبال یافتن روش مناسبی برای تحقق اهداف شان هستند. در این مطالعه با تغییر بعضی پارامترها در روش فنول ‌کلروفرم محتوای ژنتیکی تعداد 22 نمونه فوک ‌خزری که شامل بافت ‌های تازه و نمونه ‌های موزه‌ ای بودند استخراج گردید. هم چنین میانگین غلظت dna بافت ‌های تازه و نمونه ‌های موزه‌ ای براساس میانگین و اشتباه معیار (m±se) به ترتیب برابر با 182/91±632/90 و 75/62±226/87 نانوگرم بر میکرولیتر و میانگین نسبت جذبی طول موج 260 به 280 نانومتر در نمونه های تازه به 1/8 نزدیک ‌تر بود. محصول dna نمونه‌ های حاصل از بافت عضله تازه به طور معنی ‌داری از غلظت بالاتری برخوردار بودند. سپس dna حاصل با استفاده از دو آغازگر اختصاصی فوک ‌خزری (hg6.3 و hg8.9) با واکنش زنجیره ‌ای پلی ‌مراز پس از رسیدن به گرادیان دمایی مطلوب تکثیر ‌شدند. نتایج حاصل از مستند سازی باندهای مولکولی بر روی ژل آکریل‌آمید 8 درصد، حاکی از موفقیت آمیز بودن تکثیر همه نمونه‌ ها اعم از بافت های تازه و نمونه های موزه ای با حداقل 2 دهه قدمت بود. باتوجه به قابلیت ژنوتایپ موفق برای مطالعات ژنتیک جمعیت، حفظ نمونه های موزه ای تحت هر شرایطی توصیه می شود.

Optimization of DNA Extraction from Animal Museum Specimens Including Mammals’ Skins and Bones with Modified Phenol-Chloroform Method (Case Study: The Caspian Seal)

The study of museum specimens’ DNA, is so important today because of the useful information it provides researchers. In addition, because of the genetic content for these samples is very fragile over time and sometimes low in their concentration, they need to more efficient methods with higher yields for optimal quantitative and qualitative extraction needed from the past. Therefore, depending on the target species or tissues, researchers often search to find a suitable way to achieve their goals by modifying and optimizing extraction protocols. In this study, by changing some parameters in the phenol chloroform method, the genetic content of 22 Caspian Seal samples containing fresh tissues and museum specimens was extracted. Also, the average of DNA concentration of fresh tissues and museum specimens according to the mean and standard error (M±SE) was 632.90±75.62 and 222.87±182.91 respectively and the mean of 260/280 wavelength ratio was closer to 1.8 nm in fresh tissue samples, then the DNA product of fresh muscle tissue samples had significantly higher concentration (Pvalue<0.05). The extracted DNA was amplified using two specific nonuniversal primers (Hg6.3 and Hg8.9) by polymerase chain reaction upon achievement to suitable temperature gradient. The results of molecular band documentation on 8% acrylamide gel indicated that all specimens, both fresh tissue and museum specimens with at least two decades, were successfully amplified. Given the ability of a successful genotype for population genetic studies, preservation of museum specimens under any circumstances is recommended.