بررسی فیلوژنی شترهای تک کوهانه و دو کوهانه ایران براساس توالی ژن 16s rrna

شتر گونه ای بسیار مقاوم در برابر خشکی است که در سخت ترین شرایط آب و هوایی، محصولاتی مانند شیر و گوشت تولید می کند. با توجه به این که تعداد شترهای ایران در حال کاهش است، برای حفظ و بهبود تولیدات این گونه، مطالعات کاربردی ژنتیکی ضروری است. هدف از انجام این مطالعه، بررسی بیوانفورماتیکی و فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی ژن 16srrna میتوکندریشترهای تک کوهانه و دوکوهانه ایرانی بود. در پژوهش حاضر از 10 نمونه شتر دوکوهانه و 10 نمونه شتر تک کوهانه مناطق مختلف، نمونه خون جمع آوری شد. پس از استخراج dna، ژن 16srrna میتوکندریایی به طول 1512جفت باز با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد. هم ردیفی کامل نوکلئوتیدی شترهای تک کوهانه و دوکوهانه ایرانی با روش اتوماتیک سانگر صورت گرفت و سپس توالی های به دست آمده با توالی های حاصل از مطالعات دیگر مقایسه شد. نتایج به دست آمده نشان داد شباهت نوکلئوتیدی ژن 16srrna میتوکندریایی با هم ردیفی کامل سایر شترسانان موجود در بانک جهانی ژن 93/98 تا 100 درصد محاسبه گردید. مقایسه هم ردیفی نوکلئوتیدی، رسم ماتریس فواصل ژنتیکی و رسم درخت فیلوژنتیکی هم ردیفی کامل حاصله از آنالیز فاصله ژنتیکی نشان داد که شترهای تک کوهانه ایران بیش ترین شباهت با شتر تک کوهانه عربی و شترهای دوکوهانه ایران بیش ترین شباهت با شتر دوکوهانه باختری دارد. هم چنین ترسیم این درخت نشان داد که جمعیت شترهای ایرانی یک گروه مونوفیلتیک هستند.

Genetic and phylogenetic analysis of 16s rRNA region in Camelus dromedaries and Camelus bactrianus of Iran

Camel is a resistant species to drought and cold weather and produces milk and meat in harshest environmental condition. Camel population has been decreasing during last decades in Iran, and genetic studies are quite necessary for considering the conservation and productivity of this species. The aim of this study was to bioinformatics and phylogenetic analysis of mitochondrial sequence of 16sr RNA gene in Iranian camelus dromedaries and Camelus bactrianus.In the present study, the blood samples were collected from 10 Bactrian and 10 dromedary camels, and DNA was extracted; the mitochondrial 16S rRNA gene with 1512 bp was amplified using specific primers. Sequencing was performed by automated Sanger method. Then complete nucleotide sequencing of Iranian twohumped and onehumped camels was performed by Sangar automatic method and then the obtained sequences were compared with the sequences obtained from other studies. The results showed that the nucleotide similarity of 16S mitochondrial rRNA gene with the complete sequence of other camels in the World Bank of the gene was calculated to be 93.98 to 100%. Comparison of nucleotide sequence, construct of the genetic distance matrix and drawing of phylogenetic tree, the complete sequence obtained genetic distance analysis showed that Iranian onehumped camels are most similar to Arabian onehumped camels and Iranian doublehumped camels are most similar to western twohumped camels. The drawing of this tree also showed that the population of Iranian camels is a monophyletic group.