خوشه بندی مبتنی بر آنتولوژی ژن های هدف ریزrna های موثر بر تولید شیر

شیر گاو مایعی بسیار مغذی است و بخش مهمی از رژیم غذایی یک فرد می باشد و تمامی مواد مورد نیاز بدن انسان را در خود دارد. استراتژی هایی که از طریق آن می توان تولید شیر را تحت تاثیر قرار داد، شناسایی ژن هایی که روی تولید و ترکیب شیر اثر می گذارند و استراتژی دیگر شناسایی ریزrnaهایی که بیان ژن های موثر را تحت تاثیر قرار می دهند. در این مطالعه ابتدا داده های ریزrna های مربوط به غده پستانی گاو شیری با کد شناسایی egeod61227از پایگاه geo پیاده سازی شدند. بعد از مشخص شدن میزان بیان ریزrnaها، شناسایی ژن های هدف ریزrna ها به کمک پایگاه داده ای mirwalk انجام گردید. سپس برای فرآیند خوشه بندی ژن ها بر مبنای ساختار درختی آنتولوژی ژن که شامل سه زیر آنتولوژی فرآیند بیولوژیکی، عملکرد ملکولی و جزء سلولی است از نرم افزار agrigo استفاده گردید. در مطالعه حاضر براساس خوشه  بندی مبتنی بر آنتولوژی ژن های هدف نتایج نشان داد که فعالیت های بیولوژیکی مورفوژنز بافت پستانی و تکثیر سلول های اپیتلیال در سطح بسیار معنی داری می باشند که این فرآیندها در تکامل و توسعه غدد پستان نقش بسیار مهمی دارند و نتایج براساس فعالیت مولکولی نشان داد که سیگنال دهی با استفاده از پروتئین های گیرنده کینازی بیش ترین سطح معنی داری به خود اختصاص داده است. هم چنین نتایج مربوط به بخش اجزا سلولی نشان داد بیش ترین شمار ژن های هدف در بخش داخلی غشا سلولی ارگانل و غشا پلاسمایی قرار دارند. بنابراین، ژن های هدفی که تنظیم کننده این فرآیندهای معنی دار می باشند پتانسیل ایفای نقش قابل توجه جهت یافتن راهکاری هدفمند در راستای بهبود صفت تولید شیر را دارند.

Clustering based on the ontology of microRNAs target genes affecting milk production

Cow’s milk is the most nutritious drinks and it’s an important part of a person’s diet, and it has all the materials the human body needs. Identification of genes related to milk production and composition is a strategy which through can be effectively influenced milk production.A. Another strategy is to identify microRNAs that affect the expression of effective genes. In this study, we were downloaded the microRNAs data related to the mammary gland of dairy cattle with EGEOD61227 accession number from the GEO database. After estimating the expression level of microRNAs, target genes for microRNAs were identified using the miRwalk database. In the next step, AgriGO software was used for clustering of genes based on the tree structure of the gene ontology, which includes three subontology of biological process, molecular function, and cellular component. In the present study, based on the clustering of target genes, the results showed that the biological process of gland morphogenesis and epithelial cell proliferation were highly significant. These processes play an important role in the development of the mammary glands and the results based on molecular activity showed that the signaling using transmembrane receptor protein kinase had the highest significant level. Also, the results of the cellular compartment showed that most of the target genes are located in the intracellular membranebounded organelle and the plasma membrane. Therefore, the target genes that regulate these significant processes have the potential to play a significant role in finding a targeted solution to improve milk production.