strategies for whole-exome sequencing analysis in a case series study of familial male infertility

Background: infertility is one of the common health issues around the world. the prevalence of male factor infertility among infertile couples is approximately 30%-35%, of which genetic factors account for 15%. the familybased wholeexome sequencing (wes) approach can accurately detect novel variants. however, selecting an appropriate sample for data generation using wes has proven to be challenging in familial male infertility studies. the aim of this study was to identify types of pathogenic male infertility in cases of familial asthenozoospermia. case: two families with multiple cases were recruited for the purpose of wes. the study population included two affected cases in pedigree i and three affected cases in pedigree ii. two different variant callers (samtools and gatk) with a singlesample calling strategy (sscs) and a multiplesample calling strategy (mscs), were applied to identify variant sites. conclusion: in this study, we represented the results for variant prioritization of wes data without sequencing fertile siblings in the same pedigree by applying two different pipelines (homozygosity and linkage-based strategy). using the aforementioned strategies, we prioritized annotated variants and generated a logical shortlist of private variants for each pedigree.

استراتژی های تجزیه و تحلیل توالی یابی اگزوم در خانواده هایی با مردان نابارور

مقدمه: ناباروری یکی از مسائل بهداشت عمومی در سراسر جهان است. شیوع ناباروری در زوجین حدود 30 تا 35 درصد است. در میان فاکتورهای متعددی که منجر به ناباروری مردان می شوند، 15% موارد منشاء ژنتیکی دارند. توالی یابی کل اگزون ها (اگزوم) یکی از کارآمد ترین روش ها در تشخیص های بالینی است. با استفاده از این روش به طور چشمگیری روند شناسایی ژن های دخیل در ناباروری به طور چشمگیری افزایش یافته است. در میان استراتژی ها متعدد آنالیز داده های اگزوم، رویکردهای مبتنی بر خانواده دقت بالاتری در شناسایی ژن های کاندید دارند. با این حال در مطالعات ناباروری انتخاب نمونه مناسب برای توالی یابی یکی از چالش های اصلی می باشد.هدف: هدف از این مطالعه شناسایی جهش های عامل ناباروری مردان در بیماران مبتلا به آستنوزواسپرمیا است.مواد و روش ها: دو خانواده با چندین مرد نابارور مبتلا به آستنوزواسپرمیا فراخوانده شدند. در این مطالعه از روش توالی یابی اگزوم به منظور تولید داده در دو فرد نابارور و والدینشان در خانواد I و سه فرد نابارور در خانواده II استفاده شد. به منظور شناسایی ژن های کاندید دو نرم افزار مختلف SAMtools و GATK در دو استتراتژی SSCS و MSCS به کار برده شدند.نتایج: در این تحقیق بدون توالی یابی برادران بارور در شجره نامه ها، نتایج الویت بندی داده های WES با استفاده از دو استراتژی هموزیگوسیتی و آنایز پیوستگی ارائه شده است.نتیجه گیری: از طریق استراتژی های ذکر شده لیست کوتاهی از واریته های کاندید در هر دو شجره نامه بدست آمد.