مقایسه وابستگی اتصال ترکیبات سیاه‌دانه و شیرین بیان با رمدسیویر بر mpro سارس کرونا ویروس2 با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی هدایت شده

سارس کرونا ویروس 2 منجر به بیماری کووید-19 به‌عنوان یک بیماری همه گیر توسط سازمان جهانی بهداشت (who) گزارش‌شده است. در این ویروس یکی از پروتئازهای سیستئین ضروری که پروتئاز اصلی نامیده می شود، هدف دارویی مناسبی برای بسیاری از مهارکننده‌های گیاهی و شیمیایی است. بررسی وابستگی اتصال مهارکننده ها به پروتئاز اصلی سارس کرونا ویروس2 یکی از عوامل تاثیرگذار در کارایی آن هاست. در این مقاله وابستگی اتصال داروهای گیاهی ازجمله نیجلیدین از گیاه سیاه دانه و لیکوریتیژنین از گیاه شیرین بیان بر پروتئاز اصلی از سارس کرونا ویروس 2 با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی هدایت شده موردبررسی قرارگرفته و با داروی شیمیایی رمدسیویر مقایسه شده است. نتایج نشان دادند که در بین لیگاندهای گیاهی، نیجلیدین بیشترین نیروی جداشدگی را به خود اختصاص می دهد. این امر در حالی است که رمدسیویر به‌عنوان یک مهارکننده شیمیایی دارای بیشترین نیروی جداشدگی در مقایسه با مهارکننده های گیاهی است. همچنین انرژی الکترواستاتیک و واندروالس برای مجموعه رمدسیویر و پروتئاز اصلی نسبت به سایر مهارکننده های گیاهی مقدار منفی تری را نشان می دهد. بنابراین باوجود امتیاز اتصال بالای ترکیبات سیاه دانه و شیرین بیان، رمدسیویر تحت عنوان یک ترکیب شیمیایی وابستگی اتصال بیش تری را نشان می دهد.

the comparison of binding affinity of black seed and licorice compounds with remdesivir to mpro of sars-cov-2 using steered molecular dynamics simulation

sars-cov-2 which caused to covid-19 was reported as an epidemic by the world health organization (who). in this virus, one of the essential cysteine proteases, which is called the main protease, can be used as a drug target for many herbal and chemical inhibitors. one of the factors in the effectiveness of drugs inhibitory is the binding affinity of them to main protease. in this paper, the comparison of the binding affinity of herbal compounds (nigelidine, from black seed and liquiritigenin from licorice plant) with remdesivir on the main protease from sars-cov-2 has been investigated using steered molecular dynamics simulation. the results showed that nigelidine has the highest rupture force among herbal ligands. despite of the fact that remdesivir has the highest rupture force compared to herbal inhibitors. also, the electrostatic and van der waals energy for remdesivir and main protease shows a more negative value than other herbal inhibitors. therefore, despite of the high dock score of the compounds of black seed and licorice, remdesivir as a chemical compound shows more binding affinity.