genetic polymorphism detection of the exon 1 region of acetylcoa carboxylase alpha gene in iranian mahabadi goat breed

Acetyl-coenzyme a carboxylase α (acc-alpha) is considered as the key regulatory enzyme in fatty acid biosynthesis. acc-alpha gene is located on caprine chromosome 11 and is polymorphic in many goat breeds. in the current study, we aimed to find possible single nucleotide polymorphisms (snps) in the exon 1 region of the acc-alpha gene in iranian mahabadi goat breed. genomic dna was extracted from blood samples of 150 mahabadi does. the exon 1 region of the acc-alpha gene was amplified to produce a 390 bp fragment. the pcr products were analyzed by both polymerase chain reactionrestriction fragment length polymorphism (pcrrflp) and polymerase chain reactionsingle strand conformation polymorphism (pcrsscp) techniques. rflp was performed utilizing hinfi endonuclease enzyme. no polymorphism was observed after digestion of the pcr products using hinfi. however, sscp of the pcr products revealed two conformation patterns at the exon 1 region of goat acc-alpha gene with frequencies of 86% and 14%, respectively. sequencing the observed conformation patterns presented more than 10 snps compared with its reported squences in the exon 1 region of ovine acc-alpha gene. most observed polymorphic sites did not follow the hardy-weinberg equilibrium. sequence results indicated more similarity in the exon 1 of the acc-alpha gene among indigenous sheep and goat breeds.

تعیین چندشکلی ژنتیکی موجود در اگزون 1 ژناستیلکوآکربوکسیلاز آلفا در بز نژاد مهابادی

استیل کوآنزیمآکربوکسیلاز آلفا (ACACA) آنزیم تنظیم کننده کلیدی در بیوسنتز اسیدهای چرب است. ژن ACACA در بز بر روی کروموزم 11 واقع شده و در بسیاری از نژادهای بز داری چندشکلی است. هدف از انجام تحقیق حاضر بررسی SNP های ممکن در ناحیه اگزون 1 ژن ACACA در بز نژاد مهابادی بود. برای اینکار DNA ژنومی از نمونه‪های خون 150 بز ماده نژاد مهابادی استخراج و ناحیه اگزون 1 ژن ACACA با تولید یک قطعه 390 جفت بازی تکثیر شد. محصولات PCR به دو روش PCRRFLP و PCRSSCP مورد بررسی قرار گرفت. RFLP با استفاده از آنزیم اندونوکلئاز HinfI انجام شد. بعد از هضم محصولات PCR با استفاده از آنزیم HinfI هیچ پلی ‪مورفیسمی مشاهده نشد. اما SSCP کردن محصولات PCR دو الگوی باندی با فراوانی‪های 86 و 14 درصد در ناحیه اگزون 1 ژن ACACA ایجاد کرد. توالی ‪یابی الگوهای باندی مشاهده شده بیانگر بیش از ده SNP در مقایسه با توالی گزارش شده در ناحیه اگزون 1 ژن ACACA در گوسفند بود. بیشتر نواحی پلی مورفیک مشاهده شده از تعادل هاردی وینبرگ پیروی نمی‪کردند. همچنین نتایج توالی یابی نشان دهنده شباهت بیشتر در اگزون 1 ژن ACACA در نژادهای گوسفند و بز ایرانی بود.