|
|
|
|
allelic and genotypic distribution in single nucleotide polymorphism (snp) g.676a > g of melanocortin‐1 receptor (mc1r) gene in indonesian goat breeds
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
maharani d. ,elieser s. ,budisatria i.g.s. ,batubara a. ,hariyono d.n.h. ,sari a.p.z.n.l.
|
|
منبع
|
iranian journal of applied animal science - 2019 - دوره : 9 - شماره : 4 - صفحه:687 -692
|
|
چکیده
|
The melanocortin-1 receptor (mc1r) gene has been investigated by many studies regarding the pigmentation variation in various species. in order to determine its allelic and genotypic distribution, we sequenced the goat mc1r gene from 78 individuals in ten populations (gembrong, senduro, ettawa grade, boerawa, boerka, kosta, samosir, muara, boer and kacang). direct sequencing method was performed to detect the single nucleotide polymorphisms (snps). three snps (g.676a>g, g.748g>t and g.801c>g) were identified in the gene target. the snp g.676 a > g was used to genotype the investigated animals by using polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (pcr-rflp) method with eari restriction enzyme. in all studied populations, the a allele had the highest frequency (83%) and the g allele had the lowest frequency (17%). the frequency of homozygous aa genotype was the highest (90%) in kacang goats, while that of heterozygous ag genotype was fixed in senduro and boer goats. analysis of observed heterozygosity, expected heterozygosity, nei’s (1973) expected heterozygosity, and shannon index were found to be 0.3425, 0.2858, 0.2838 and 0.4578, respectively. the distribution of mc1r gene in overall breeds confirmed with hardy-weinberg equilibrium (p>0.05).
|
|
کلیدواژه
|
allele distribution ,local goat ,mc1r gene
|
|
آدرس
|
universitas gadjah mada, faculty of animal science, department of animal breeding and reproduction, indonesia, indonesian goat research institute sei putih, indonesia, universitas gadjah mada, faculty of animal science, department of animal breeding and reproduction, indonesia, indonesian goat research institute sei putih, indonesia, universitas gadjah mada, faculty of animal science, department of animal breeding and reproduction, indonesia, universitas gadjah mada, faculty of animal science, department of animal breeding and reproduction, indonesia
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
توزیع آللی و ژنوتیپی در چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) G.676A>G ژن گیرنده ملانوکورتین1 (MC1R) در نژادهای بز اندونزی
|
|
|
|
|
Authors
|
ماهارانی د. ,الیسر اس. ,بودیساتریا آ.جی.اس. ,باتوبارا آ. ,هاریونو د.ن.اچ. ,ساری آ.پی.ز.ن.ل.
|
|
Abstract
|
ژن گیرنده ملانوکورتین1 (MC1R) در مطالعات بسیاری در مورد تغییر رنگدانه در گونه‌های مختلف مورد بررسی قرار گرفته است. بر این اساس برای تعیین توزیع آللی و ژنوتیپی آن، ما ژن MC1R بز را از 78 فرد در 10 جمعیت (Gembrong، Senduro، Ettawa Grade، Boerawa، Boerka، Kosta، Samosir، Muara، Boer و Kacang) توالی‌یابی کردیم. روش توالی‌یابی مستقسم برای تشخیص چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی (SNPs) بکار گرفته شد. سه SNPs (g.676A>G، g.748G>T و g.801C>G) در ژن هدف شناسایی شدند. SNP g.676A>G برای ژنوتیپ حیوانات بررسی شده توسط روش PCRRFLP با آنزیم محدود کننده EarI استفاده شد. در تمامی جمعیت‌های مطالعه شده، آلل A بیشترین فراوانی را داشت (83 درصد) و آلل G کمترین فراوانی را داشت (17 درصد). فراوانی ژنوتیپ هموزیگوس AA در بزهای Kacang بالاترین بود (90 درصد)، اگرچه که ژنوتیپ هتروزیگوس AG در بزهای Senduro و Boer تثبیت شده بود. آنالیز هتروزیگوسیتی مشاهده شده، هتروزیگوسیتی مورد انتظار، هتروزیگوسیتی مورد انتظار Nei’s (1973)، و شاخص شانون به ترتیب 3425/0، 2858/0، 2838/0 و 4578/0 بودند. توزیع ژن MC1R در تمامی نژادها با تعادل هاردیواینبرگ تأیید شد (05/0<P).
|
|
Keywords
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|