بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های ریحان تیمار شده با تنش شوری با استفاده از نشانگر مولکولی scot و شناسایی نشانگرهای مرتبط با صفات از طریق رگرسیون

هدف: این تحقیق با هدف بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های ریحان تیمار شده با تنش شوری با استفاده از نشانگر مولکولی scot و شناسایی نشانگرهای مرتبط با صفات از طریق رگرسیون انجام شد.مواد و روش‌ها: در این پژوهش از ده آغازگر scot برای بررسی تنوع ژنتیکی 5 ژنوتیپ ریحان در شرایط تنش شوری در گلخانه دانشکده علوم محیطی دانشگاه تحصیلات تکمیلی و فناوری پیشرفته در سال 1402 به صورت آزمایش اسپلیت پلات بر پایه طرح کاملا تصادفی (عامل اصلی تنش شوری و عامل فرعی ژنوتیپ ریحان) انجام شد.نتایج: نتایج بررسی حاضر نشان داد از بین آن‌ها هشت آغازگر چندشکلی نشان دادند که در مجموع 105 باند به دست آمد. از بین این باندها، 103 باند چندشکل بودند که میانگین آن 12.63 نوار چندشکلی در هر آغازگر بود. پرایمر scot1 با 17 باند بیشترین تعداد باند را نشان داد، در حالی که آغازگر scot28 با چهار باند کمترین تعداد باند چندشکل را داشت. درصد پلی‌مورفیسم مشاهده‌شده در ژنوتیپ‌های ریحان از 85.71% تا 100% در پرایمرهای مختلف، با میانگین درصد پلی‌مورفیسم 96.52% متغیر بود. محتوای اطلاعات چندشکلی (pic) از 0.35 تا 0.40، با میانگین 0.38 متغیر بود. هتروزیگوسیتی مورد انتظار (eh) برای نشانگرهای scot از 0.38 تا 0.45 با میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار 0.42 بود. شاخص نشانگر (mi) در بین نشانگرهای scot متفاوت بود، پرایمر scot11 بالاترین mi (0.38) و آغازگر scot16 کمترین (0.20) را نشان داد. میانگین هتروزیگوسیتی (havp) از 0.03 تا 0.07 برای نشانگرهای مورد مطالعه متغیر بود. پرایمرهای scot28 و به دنبال آن scot10 بالاترین میانگین هتروزیگوسیتی را داشتند که نشان دهنده کارایی بالای آنها در تشخیص پلی‌مورفیسم است. شاخص تنوع ژنی در بین آغازگرهای مورد مطالعه  با میانگین 0.426 در جمعیت مورد مطالعه قرار داشت. پرایمرهای scot1 و scot10 به ترتیب بیشترین تنوع ژنتیکی را نشان دادند. میانگین ضریب شانون برای نشانگرهای scot برابر با 0.614 بود که نشان‌دهنده سطح متوسط تنوع در جمعیت‌های مورد بررسی است. پرایمرهای scot1 و scot10 به ترتیب بالاترین مقادیر شاخص شانون را داشتند که نشان می‌دهد این آغازگرها تنوع ژنتیکی بیشتری را در جمعیت به دست آورده‌اند. تعداد آلل های موثر بین 1.652 تا 1.843 با میانگین 1.769 در جمعیت مورد مطالعه متغیر بود. براساس نتایج خوشه بندی ژنوتیپ‌های سیاه و ابلق کمترین فاصله ژنتیکی را نشان دادند.نتیجه‌گیری: به طور کلی می توان بیان نمود که استفاده از مارکرهای مولکولی scot روش مناسبی در جهت بررسی تنوع ژنتیکی بین ارقام ریحان در شرایط تنش محیطی به خصوص تنش شوری است.

the study of genetic diversityof basil genotypes treated with salt stress using scot molecular marker

objectivethe aim of this study was to evaluate the genetic diversity of basil using scot molecular markers and to identify markers associated with traits through regression analysis.materials and methodsin this research, ten scot primers were used to investigate the genetic diversity of five basil genotypes under salinity stress conditions in the greenhouse of the faculty of environmental sciences at the university of graduate studies and advanced technology in 2023. the experiment followed a split-plot design based on a completely randomized design, with salinity stress as the main factor and basil genotype as the secondary factor.resultsthe results showed that among the eight primers used, the highest polymorphism was observed, resulting in a total of 105 bands. of these, 103 were polymorphic bands, with an average of 12.63 polymorphic bands per primer. primer scot1 produced the highest number of bands with 17 bands, while primer scot28 had the lowest number of polymorphic bands with four bands. the polymorphism percentage in basil genotypes ranged from 85.71% to 100% across different primers, with an average polymorphism percentage of 96.52%. polymorphic information content (pic) values ranged from 0.35 to 0.40, with an average of 0.38. expected heterozygosity (eh) for scot markers ranged from 0.38 to 0.45, with a mean expected heterozygosity of 0.42. the marker index (mi) varied among scot markers, with primer scot11 showing the highest mi (0.38) and primer scot16 showing the lowest (0.20). the average heterozygosity (havp) ranged from 0.03 to 0.07 for the studied markers. primers scot28, followed by scot10, exhibited the highest average heterozygosity, indicating their high efficiency in detecting polymorphism.the genetic diversity index of reed among the studied primers was 0.426 in the studied population. primers scot1 and scot10 demonstrated the highest genetic diversity index values, highlighting their strong capacity to capture genetic diversity. the average shannon coefficient for scot markers was 0.614, indicating a moderate level of diversity in the studied populations. scot1 and scot10 primers had the highest shannon index values, respectively, confirming their ability to detect genetic variation. the number of effective alleles varied between 1.652 and 1.843, with an average of 1.769 in the studied population.conclusionsin general, the use of scot molecular markers proved to be a suitable method for investigating the genetic diversity of basil cultivars under environmental stress conditions, particularly salinity stress.