پویش کل ژنومی مرتبط با صفات سن میش در اولین بر‌ه‌زایی و فاصله بین دو زایش در گوسفندان زندی

هدف: سن میش در اولین زایش و فاصله بین دو زایش از مهم‌ترین صفات تولیدمثلی موثر بر سودآوری سیستم‌های پرورش گوسفند است. فلذا هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی موثر بر سن میش در اولین بره‌زایی و فاصله بین دو زایش میش‌های نژاد بومی زندی با استفاده از آرایه‌‌های ژنومی 50k می‌باشد.مواد و روش‌‌ها: بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 96 راس از میش‌های نژاد زندی و رکوردهای فنوتیپی مرتبط با صفات مورد مطالعه استفاده گردید. مراحل مختلف کنترل کیفی و شناسایی نشانگرهای snp مستقل بوسیله‌ نرم‌افزار plink انجام شد. پس از مراحل مختلف کنترل کیفی، 94 راس حیوان و 36070 نشانگر برای آنالیزهای بعدی شناسایی شدند. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه مدل خطی مختلط برای صفات تولیدمثلی در نرم‌ا‌فزار gemma انجام شد. سپس با استفاده از نرم‌افزار genome data viewer پایگاه برخط ncbi براساس آخرین اسمبلی (ars ui_ramb_v2.0) ژن‌های معنی‌داری که در داخل و یا 300 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی‌دار قرار داشتند، شناسایی شدند. در نهایت، برای شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن‌‌های نزدیک به مناطق انتخابی از طریق پایگاه‌‌های برخط genecards و uniprotkb استفاده شد.نتایج: در این پژوهش تعداد هفت نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم‌‌‌های 1، 2، 3، 6، 11 و 23 شناسایی شدند. همچنین ژن‌های umps،‌itgb ،‌smarcal1‌،‌apaf1، ugt8 و st8sia5 که با صفات تولید مثلی در ارتباط هستند، در این مناطق قرار داشتند. برخی از این ژن‌های شناسایی شده در مناطق ژنومی معنی‌دار با مطالعات قبلی هم‌خوانی داشت. با بررسی‌های بیشتر در پایگاه‌های برخط نشان داد شناسایی شده نقش مهمی در فرآیند تخمک‌اندازی، رشد و توسعه عضلات اسکلتی، رشد ابتدایی جنین و سن بلوغ داشتند. نتیجه ‌گیری: نتایج این تحقیق می‌تواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل کننده صفات تولیدمثلی مورد استفاده قرار گیرد و با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته‌های این پژوهش می‌تواند در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق کاهش سن میش در اولین بره‌زایی مفید باشد.

genome-wide association study associated with first lambing age and lambing interval traits in zandi sheep

first lambing age and lambing interval are among the most important reproductive traits affecting profitability of sheep breeding systems. the present study aimed to conduct a genome wide association studies (gwas) for identifying the loci associated with first lambing age and lambing interval in zandi native sheep using the 50k arrays.materials and methodsfor this purpose, phenotypes records and genotypic data related to first lambing age and lambing interval were obtained from 96 zandi sheep. different steps of quality control and identification of independent snp markers were performed by plink software. after quality control, 94 animals and 36070 markers were identified for further analysis. genome wide association study was performed with reproductive traits using gemma software. using the genome data viewer software from ncbi database based on last assembly (ars ui_ramb_v2.0) the snp were assigned to genes if they were within the genomic sequence of the gene or within a flanking region of 300 kb up and downstream of the gene. finally, from online bioinformatics databases for the assignment of the genes to functional categories, david and panther databases were used.resultsin this research, seven snp markers on chromosomes 1, 2, 3, 6, 11 and 23 were identified. also, we identified different sets of candidate genes related to reproductive traits: umps, itgb, smarcal1, apaf1, ugt8 and st8sia5 in zandi sheep. some of the found genes, are consistent with some of the previous studies related to reproductive traits. some of the genes were found are consistent with some previous studies and to be involved biological pathways related to fertilization, ovulation rate, estrogen biosynthesis, conception rate, skeletal muscle development, early development of the fetus and puberty. conclusionthe results of our research can be used to understand the genetic mechanism controlling reproductive traits and considering, this study supported previous results from gwas of reproductive traits, also revealed additional regions, using these findings could potentially be useful for genetic selection in sheep for age at first lambing.