ارزیابی تنوع ژنتیکی گوجه فرنگی (solanum lycopersicum l.) مبتنی بر مقایسه کارآیی دو نشانگر ssr و issr

هدف: این تحقیق به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی توده های گوجه فرنگی متعلق به کلکسیون هسته بانک ژن گیاهی ملی ایران انجام شد. هم چنین بررسی مقایسه ای کارآیی دو نشانگر مولکولی ssr و issr در بررسی تنوع ژنتیکی و قابلیت تفکیک توده های مختلف گوجه فرنگی از اهداف دیگر این مطالعه بود.مواد و روش ها: در این تحقیق تنوع ژنتیکی بین و درون گونه ای 30 توده گوجه فرنگی متعلق به تواحی مختلف ایران و جهان ارزیابی شد. برای این منظور نمونه های برگی مورد نیاز در مرحله چهار برگی از توده های مورد بررسی برداشت و پس از استخراج dna انگشت نگاری با استفاده از 13 نشانگر issr و 5 نشانگر ssr انجام شد.نتایج: تعداد قطعات تکثیر شده چند شکل و متوسط شاخص های قدرت تفکیک و شاخص نشانگری برای نشانگر issr بیشتر از ssr بود. با این حال محتوای اطلاعات چندشکلی در نشانگر ssr بیشتر از issr به دست آمد. نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که هر دو سیستم نشانگری کارآیی مطلوبی در ارزیابی تنوع بین گونه ای داشتند، به طوری که بیشترین تنوع ژنتیکی مشاهده شده در بین گونه بیشتر از درون گونه برآورد شد. در برآورد پارامترهای ژنتیکی نیز نشانگر ssr در کلیه پارامترها مقادیر بزرگ تری را در مقایسه با نشانگر issr داشت. هم چنین این مقادیر در s. lycopersicum esculantum بیشتر ازs. lycopersicum cherry بود. در تجزیه خوشه ای بر اساس هر کدام از نشانگرهای مورد استفاده، توده های گوجه فرنگی مورد بررسی در 4 گروه قرار گرفتند. از تجزیه به مختصات اصلی به منظور ارزیابی دقیق تر گروه های حاصل از تجزیه خوشه ای استفاده و مشخص شد که آغازگرهای ssr از کارآیی ملموس تری در بیان تنوع ژنتیکی موجود در بین توده های ایرانی و s. lycopersicum cherry برخوردار بودند، در حالی که آغازگرهای issr توده های متعلق به s. lycopersicum esculantum را بهتر متمایز نمودند.نتیجه‏گیری: نتایج این تحقیق حاکی از وجود تنوع ژنتیکی بالا در درون و بین گونه های گوجه فرنگی مورد مطالعه بود. با توجه به خصوصیات مشاهده شده در هر کدام از نشانگرهای مورد استفاده می توان انتظار داشت که کاربرد آغازگرهای issr برای اشباع نقشه های ژنتیکی و آغازگرهای ssr در بررسی ساختار جمعیت و گروه بندی توده های مختلف از کارآیی بالاتری برخوردار باشد.

valuation of genetic diversity of tomato (solanum lycopersicum l.) based on the comparison of issr and ssr marker efficiency

objectivethis study was conducted to evaluate the genetic diversity of tomato accessions selected from the core collection of national plant gene bank of iran (npgbi) based on a comparative assessment of ssr and issr markers. genetic diversity of species and cultivars is necessary to increase productivity and production, and if diversity is reduced, species and cultivars are in danger of extinction. due to the importance of tomato as the second most consumed crop among vegetables, it is necessary to study it. other objectives of this study are to compare the performance of ssr and issr markers in differentiating tomato genotypes and to find primers with the highest polymorphism.materials and methodsin this study, genetic diversity among and within tomato accessions collected from 8 geographic regions of iran and 22 countries from the world were evaluated using 13 issr and 5 ssr primers.resultsthe number of polymorphic alleles and the average of resolving power and marker index were related to the issr marker. however, the highest values of pic for studied markers were obtained in the ssr primers. the molecular analysis of variance showed that both markers were suitable for the evaluation of diversity among species. also, genetic diversity among the species was higher than within the species. the highest values of genetic diversity features were obtained in ssr primers. the lowest parameters were observed in the s. lycopersicum cherry in comparison to s. lycopersicum esculentum. in the cluster analysis, tomato accessions were distributed into four groups. pcoa was obtained for a more accurate explanation of the grouped accessions. these results indicated that ssr primers have had more tangible efficiency in showing the genetic diversity between iranian and s. lycopersicum cherry populations, while issr primers distinguished the s. lycopersicum esculentum accessions better than others.conclusionsthe results indicated high genetic diversity among and within tomato species. according to genetic diversity features in both markers, it can be expected that the use of issr and ssr primers will be more effective for preparing genetic maps and studying population structure and/or accession grouping, respectively.