روابط ژنتیکی بین گونه‌ها و ارقام جنس پسته (pistacia l.) به‌وسیله نشانگر scot

هدف: پسته یکی از مهم‌ترین محصولات کشاورزی می‌باشد و کشور ایران دارای غنی‌ترین ژرم‌پلاسم پسته دنیاست. وجود این ذخایر ژنتیکی فرصتی مناسب جهت استفاده برای اهداف اصلاحی خواهد بود. آگاهی از روابط ژنتیکی بین ژنوتیپ‌های پسته نقش مهمی در برنامه‌های اصلاحی آن دارد. نشانگرهای مولکولی یکی از ابزارهای قدرتمند جهت بررسی روابط فیلوژنتیک گیاهان می‌باشند. تکنیک scot یکی از سیستم‌های مولکولی است که جهت بررسی ارتباط ژنتیکی گونه‌ها و ارقام مختلف گیاهی کاربرد دارد. این مطالعه به منظور ارزیابی روابط ژنتیکی تعدادی از گونه‌ها و ارقام جنس پسته با استفاده از نشانگر مولکولی scot و بررسی سودمندی این نشانگر در تمایز ژنوتیپ‌های این جنس انجام شد.مواد و روش‌ها: مواد گیاهی این مطالعه شامل 29 ژنوتیپ از گونه‌های اهلی و وحشی جنس پسته است. 25 آغازگر از نشانگر scot جهت ارزیابی روابط ژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. dna ژنومی از نمونه‌های برگی با استفاده از روش ctab با اندکی تغییر استخراج گردید. کمیت و کیفیت dna استخراج‌شده به وسیله اسپکتروفتومتر و الکتروفورز ژل آگاروز تعیین گردید. تجزیه خوشه‌ای بر اساس ماتریس تشابه ژاکارد و الگوریتم اتصال کامل و تجزیه به مولفه‌های هماهنگ اصلی، با استفاده از نرم‌افزار 2.02e ntsyspc انجام شدند.نتایج: در مجموع 449 قطعه dna توسط آغازگرها تکثیر گردید که 433 باند (96.43 درصد) چندشکل بودند. متوسط تعداد قطعات تکثیری برای هر آغازگر 17.96 باند با میانگین 17.32 باند چندشکل در هر آغازگر بود. تعدادی نشانگر اختصاصی گونه نیز در بعضی ژنوتیپ‌ها آشکار گردید. مقادیر میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی از 0.18 تا 0.38 متغیر بود. همچنین مقادیر شاخص نشانگری در محدوده 0.56 تا 4.36 قرار داشت. دامنه ضرایب تشابه ژنو تیپ‌ها بین 25 تا 68 درصد متغیر بود. تجزیه خوشه‌ای، ژنوتیپ‌های پسته را به دو شاخه اصلی شامل گونه ورا (اهلی) و گونه‌های وحشی تقسیم نمود. تجزیه به مولفه‌های هماهنگ اصلی، گونه ورا را از گونه‌های وحشی تفکیک و نتایج تجزیه خوشه‌ای را تایید نمود.نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که نشانگر مولکولی scot چندشکلی بالایی را در بین گونه‌ها و ارقام پسته آشکار و ژنوتیپ‌های موردمطالعه را از یکدیگر متمایز ساخت. بنابراین، نشانگر scot ابزاری سودمند جهت مطالعه روابط فیلوژنتیک در جنس پسته است.

genetic relationships of pistacia species and cultivars by scot markers

objectivepistachio is one of the most important agricultural products and iran has the richest germplasm of pistachio in the world. the presence of this genetic resources will be an appropriate opportunity for use in breeding purposes. knowledge of genetic relationships among pistachio genotypes has important role in it’s breeding programs. molecular markers are one of the powerful tools for studying plant phylogenetic relationships. start codon targeted (scot) technique is one of the molecular systems that used to assess the genetic relationship among different plant species and cultivars. this study was performed in order to evaluate the genetic relationships between a numbers of pistacia species and cultivars using scot molecular markers and to assess the usefulness of this markers in differentiating this genus.materials and methodsplant materials of this study are included 29 genotypes of domestic and wild species of genus pistacia. a total of 25 scot primers were used to evaluate the genetic relationships. genomic dna were extracted from leaf samples using ctab method with minor modifications. the quantity and quality of the extracted dna were measured by spectrophotometer and agarose gel electrophoresis. cluster analysis based on jaccard’s similarity matrix and complete linkage algorithm and principal coordinate analysis were performed using ntsyspc 2.02e software.resultsin total, 449 dna fragments were amplified by primers out of which 433 bands (96/43%) were polymorphic. the average number of amplified fragments for each primer was 17.96 bands with a mean of 17.32 polymorphic bands per primer. a number of speciesspicific marker were detected in some genotypes. the average of polymorphism information content values varied from 0/18 to 0/38. also, the values of marker indices ranged from 0/56 to 4/36. the range of similarity coefficients of genotypes varied between 25% to 68%. cluster analysis divided genotypes into two main cluster including vera (domestic) and wild species. principal coordinate analysis separated vera cultivars and genotypes from wild species and confirmed the results of cluster analysis.conclusionsthe results of this study demonstrated that scot molecular markers detected high polymorphism among pistachio species and cultivars and differentiated the studid genotypes. therefore, scot marker is a useful tool for studying phylogenetic relationships in genus pistacia.