شناسایی و توصیف تبارزائی تعدادی از جدایه‌های ایرنی ویروس موزائیک یونجه مبتنی بر ترادف ژن پروتئین حرکتی

هدف: ویروس موزائیک یونجه (amv) یکی از مهم‌ترین ویروس‌های گیاهی در ایران و جهان می‌باشد. هدف از این تحقیق، مطالعۀ تعدادی از جدایه‌های ایرانی این ویروس بر اساس ترادف ژن mp، بررسی موقعیت تبارزائی آن‌ها و مقایسۀ آن با ژن cp می‌باشد.مواد و روش‌ها: طی سال‌های 1393 تا 1396، از مزارع یونجه شش استان کشور (کرمان، هرمزگان، اصفهان، فارس، خوزستان و گلستان) بازدید گردید و از بوته‌های مشکوک (یونجه و علف هرز) نمونه‌گیری شد. جهت بررسی آلودگی نمونه‌ها، از آزمون الایزا و همچنین rt-pcr استفاده گردید. از بین جدایه‌های بررسی شده، 20 جدایه شامل 17 جدایه از گیاه یونجه و سه جدایه از علف‌های‌هرز نام‌های شیرتیغی ( l..sonchus oleraceus)، سلمه‌تره ( l..chenopodium amaranticolor) و بارهنگ (plantago ovate l.)، جهت مطالعه مولکولی انتخاب و به‌دنبال آن موقعیت تاکسونومیکی جدایه‌های این ویروس بر‌اساس ژنوم کامل پروتئین حرکتی و همچنین ناحیه‌ای از آن مورد بررسی قرار گرفتند.نتایج: رسم درخت تبارزایی بر اساس طول کامل ژن پروتئین حرکتی ویروس نشان داد که جدایه‌ها در دو گروه i و  ii قرار می‌گیرند که هر گروه نیز به دو زیر گروهa  وb تقسیم می‌شوند. اکثر جدایه‌های ایرانی به تنهایی در گروه ii واقع گردیده و تمامی جدایه‌های انتخاب شده از بانک ژن به همراه دو جدایه از ایران با رس شماره‌های  kx535456 و kx535454در زیر‌گروه ia قرار گرفتند. اما زیر‌گروه ib نیز منحصر به سه جدایه ایرانی (رس شماره های kx535462، kx535458 و kx535460) است. در حالیکه براساس درخت تبارزایی بخشی از ژن یاد شده (468 نوکلئوتید) اکثر جدایه‌های ایرانی به همراه یک جدایه از اسپانیا (jq691163) زیر گروه جدیدی را تشکیل دادند.نتیجه‌گیری: یافته‌های حاصل از این تحقیق نشان داد ترادف ژن پروتئین حرکتی برای تعیین روابط تبارزائی جدایه‌های amv موفق عمل نمود. از آنجائیکه گیاه یونجه بومی خاور نزدیک و آسیای مرکزی است احتمالا این ویروس از تنوع ژنتیکی نسبتا بالائی در ایران برخوردار می‌باشد.

Molecular characterization of Iranian isolates of Alfalfa mosaic virus based on movement protein gene

ObjectiveAlfalfa mosaic virus (AMV) is one of the most important plant viruses that has a wide host range and economically is a destructive virus in the world and Iran. The aim of this research is to study the MP gene of Iranian AMV isolates and its application in the phylogenetical analysis and compare it with the CP gene. Materials and methodsDuring 2014 to 2017, a number of plant samples including alfalfa and weeds were collected from alfalfa fields in six Iranian provinces. ELISA test using polyclonal antibodies and RTPCR were employed to check the AMV infection of the samples. Among the AMV infected samples, 20 isolates including 17 from alfalfa and three wild species including Sonchus oleraceus L., Chenopodium amaranticolor L. and Plantago ovate L. were chosen for phylogenetical analysis based on the sequence of the MP gene. ResultsPhylogenetic analysis based on the nucleotide sequence of movement protein (MP) gene of AMV including Iranian (n=20) and GenBank isolates (n=15) showed that all isolates are divided into two group I and II and each group is also divided into two subgroups A and B. The majority of Iranian isolates were placed in group II. All abroad and two Iranian isolates (Accession numbers: KX535454 and KX535456) were placed in subgroup IA, and subgroup IB is limited to three Iranian isolates (Accession numbers: KX535460, KX535458 and KX535462). Whereas based on the part of the nucleotide sequence of the MP gene (468nt), most of Iranian isolates, together with one Spanish isolate (JQ691163) were clustered in a new subgroup (IIB). ConclusionsAccording to the results of this study, it seems that the MP gene can be used to analyze the phylogenetic relationships between AMV isolates. Since the origin of AMV is from FarEast and central Asia and due to the host variability of the virus in these regions, AMV probably has a high genetic diversity in Iran.