ارزیابی بیوانفورماتیک و خصوصیات زیر واحد بزرگ روبیسکو در برخی از ژنوتیپ های کاهو

هدف: کاهو یکی از قدیمی‌ترین سبزی‌های دنیاست که منشا آن در هندوستان و آسیای مرکزی است. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 15 ژنوتیپ کاهو با استفاده از توالی ژن rbcl مورد بررسی قرار گرفت.مواد و روش ها: توالی 15 ژنوتیپ کاهو ابتدا با روش pcr جداسازی و سپس توالی یابی شد. کیفیت توالی‌ها با استفاده از نرم‌افزار chromas 2.1.1 بررسی و سپس با روش clustalw توسط نرم‌افزار megalign 5 هم‌ردیف سازی شده و دندروگرام روابط تبار زایی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی‌ها ترسیم گردیدند. همچنین برای مدل‌سازی و اعتبار سنجی پروتئین rbcl از swiss-model و qmean و ارزیابی ساختار و کیفیت شیمیایی پروتئین از نقشه های راماچاندران و سرور pro-sa استفاده شد.نتایج: بررسی شبکه های متقابل پروتئین- پروتئین با استفاده از نرم‌افزار string نشان داد اکثر پروتئین های کد شده با ژن-های matk، psb-tranh با پروتئین rbcl اثر متقابل دارند. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای، ماتریس تشابه و واریانس مولکولی و همچنین 1< dn/ds، همگی حاکی از وجود شباهت و حفاظت‌شدگی بالای توالی rbcl بین ژنوتیپ های مورد مطالعه بود.نتیجه‌گیری کلی: نتایج نشان داد که برای بررسی روابط فیلوژنتیکی در سطح گونه توالی rbcl چندان مفید نیست لذا می توان گفت که یکی از علل عدم موفقیت این ناحیه در تفکیک گونه ها، تغییرپذیری کم آن در بین گونه ها است.