مقایسه روش های مختلف لایه بندی جمعیتی گاوهای سرابی و نجدی با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم

هدف: تاکنون از روش های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود درکل ژنوم (چند شکلی های تک نوکلئوتیدی (snp)) استفاده شده است که هر کدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در پژوهش حاضر از خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت یا spc که روشی مبتنی بر داده کاوی است، برای بررسی ساختار جمعیت گاوهای سرابی و نجدی استفاده شد. مواد و روش ها: جمعیت مورد مطالعه 424 راس گاو شامل 213 راس گاو نجدی و 211 راس گاو سرابی بود که باchip 40 k v 2 illumina bead برای نشانگرهای تک نوکلئوتیدی تعیین توالی شدند. برای تجزیه ساختار جمعیت از بسته ی نرم افزاری (spin) sorting points into neighborhood استفاده شد. بعد از ویرایش داده ها، 27859 نشانگر اتوزومی تجزیه و تحلیل شدند. نتایج: خوشه بندی بر اساس شباهت ها و تفاوت های نوکلئوتیدها، منجر به طبقه بندی دو جمعیت پایه و نه زیر جمعیت شد. نتیجه گیری: در مقایسه با سایر روش های موجود برای لایه بندی جمعیت، در حال حاضر روش spin با توجه به عدم نیاز به فرض های پیشین، کارایی مناسبی جهت تجزیه و تحلیل ساختار جوامع دارد.