ویژگی های آنتی ژنی پروتین l و پیلین تایپ 4 (pila) باکتری فاینگولدیا ماگنا (finegoldia magna) به منظور طراحی درون‌ رایانه‌ای واکسن پپتیدی چند اپی توپی

سابقه و هدف: فاینگولدیا مگنا پاتوژنی فرصت طلب بوده و شایع ترین گونه بیماری زای کوکسی های بی هوازی گرم مثبت است و عامل ایجاد 5 تا 12 درصد تمام عفونت های بی هوازی. سوپر آنتی ژن پروتئین l و pilin pila نوع 4 آن جهت طراحی واکسن های پپتیدی چند اپیتوپی ارزشمند است. مواد و روش ها: ابزارهای ایمونولوژی محاسباتی برای پیشبینی اپیتوپ ها به کار برده شدند. اپیتوپ ها از نظر خاصیت آنتی‌ژنیستی و آلرژی‌زایی و انرژی اتصال به الل های hla بررسی شده و سپس به وسیله توالی های gpgpg و eaaak به هم متصل شدند. زیر واحد b سم باکتری ویبریو کلرا به عنوان ادجوانت به انتهای آمینی و جهت خالص سازی و شناسایی پروتئین، توالی 6×histag به انتهای کربوکسیلی اضافه گردید و کدون ها جهت بیان آتی در اشریشیا کلی بهینه سازی شدند. پیشبینی ساختار 3d واکسن و اصلاح ساختاری انجام گرفت. ارزیابی ساختار بوسیله تحلیل نمودار راماچاندران صورت گرفت. خصوصیات فیزیکی-شیمیایی واکسن، انحلال پذیری و پایداری آن نیز بررسی شد. یافته ها: اپی توپ های انتخابی دارای خاصیت آنتی‌ژنیستی بالا و بدون آلرژی‌زایی بوده و همچنین دارای قدرت اتصال بالا به الل های hla پیشنهادی اند. ساختار سه بعدی واکسن پایداری، انحلال پذیری و نیمه عمر بالایی در میزبان بیانی اشریشیا کلی دارد. نتیجه گیری: در این مطالعه، پروتئین l و pilin pila نوع 4 باکتری فاینگولدیا مگنا با موفقیت در طراحی درون رایانه ای واکسن مورد استفاده قرار گرفت. بررسی آتی برون تنی و درون تنی این واکسن پیشنهاد می شود.

Antigenic properties of Finegoldia magna protein L and Type IV Pilin PilA for in-silico multi epitope peptide vaccine designing

Background and Objectives: Finegoldia magna is a potential opportunistic pathogen for humans. F. magna as the most frequent pathogenic species of gram positive anaerobic cocci accounts for up to 5-12% of all anaerobic infections. F. magna possess Protein L super antigen and Type IV Pilin PilA as invaluable proteins for designing multi epitope peptide vaccines in current study.Materials and Methods: In this study, immunoinformatics tools were used to predict B and T cell epitopes of Protein L and Type IV Pilin PilA. The epitopes were evaluated for antigenicity, allergenicity and binding energy to appropriate HLA alleles and then were fused together by GPGPG and EAAAK spacers. Vibrio cholera Toxin B Subunit was introduced at N-terminus of the constructed vaccine as adjuvant, and with an eye on further identification and purification, a 6×HisTag was introduced at C-terminus. Codon optimization performed for further expression in Escherichia coli host. The amino acid sequence of the multi epitope peptide vaccine used for 3D structure prediction and refinement. Then structural evaluation via ramachandran plot analysis performed. Physicochemical properties and solubility of the constructed vaccine was also studied.Results: Results showed the selected epitopes with high antigenicity and no allergenicity. These epitopes manifest high affinity toward recommended HLA alleles. The predicted 3D model of constructed vaccine showed high stability, solubility and half-life for expression in E. coli host. Conclusion: In this study, Protein L and Type IV Pilin PilA used for in-silico designing an effective vaccine against F. magna. Further in-vitro/vivo studies are recommended.