ویژگی های ژنومی و آنالیز فیلوژنتیک سویه ایرانی با دامنه میزبانی محدود زانتوموناس سیتری زیرگونه سیتری nigeb-88

سابقه و هدف: باکتری زانتوموناس سیتری زیرگونه سیتری (xcc) عامل بیماری شانکر در مرکبات است. نتایج به دست آمده از آزمون های تشخیصی اولیه، نشان دهنده وجود سویه هایی با دامنه میزبانی گسترده (فرم بیماری زای a) و محدود (فرم های بیماری زای a* و aw) در ایران است. با این حال، آنالیزهای تفکیکی جدید انجام شده در سال 2014 بر مبنای نتایج mlva-14  وmlva-31  نشان می دهد که این سویه ها از نظر ژنتیکی تنها به فرم بیماری زای a* تعلق دارند. این مطالعه با هدف بررسی ویژگی های ژنومی و آنالیز فیلوژنتیک سویه xcca* nigeb-88  باکتری زانتوموناس سیتری زیرگونه سیتری با دامنه میزبانی محدود انجام شد.مواد و روش ها: در این مطالعه به منظور به دست آوردن اطلاعات بیشتر درباره ویژگی های ژنتیکی و روابط فیلوژنتیک سویه های ایرانی باکتری زانتوموناس سیتری، با استفاده از روش illumina ژنوم سویه ایرانی nigeb-88 به طور کامل  تعیین توالی و به وسیله نرم افزارهای مختلف بررسی شد.یافته ها: مشخصات کلی ژنوم مانند اندازه، تعداد پلاسمیدها، میانگین محتوای gc، تعداد مناطق کد کننده پروتئینی و ساختار rna سویه ایرانی مورد مطالعه، مشابه با سویه های فرم های بیماری زای دیگر باکتری xcc بود. همچنین مطالعه عوامل بیماری زای بالقوه و عوامل شرکت کننده در تعیین دامنه میزبانی، مانند افکتورهای سیستم ترشحی تایپ 3، اجزای سیستم ترشحی تایپ 4 و لیپوپلی ساکاریدهای سطحی نشان داد که شباهت زیادی با سویه های دو فرم بیماری زای a و aw وجود دارد.نتیجه گیری: نتایج آنالیزهای فیلوژنتیکی و بررسی ژن های بیماری زایی و تعیین دامنه میزبانی نشان داد که سویه ایرانی xcca*nigeb-88 ، شباهت زیادی به سویه ایرانی xcca*nigeb-386 و سویه های فرم بیماری زای a* با دامنه میزبانی محدود دارد.

Genomic characterization and phylogenetic analysis of a narrow host-range Iranian strain of Xanthmonas citri sub. citri, NIGEB-88

Background Objectives: Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is the causal agent of citrus bacterial canker. In Iran, for the first time, Alizadeh and Rahimian reported the presence of Xcc on Mexican lime (C. aurantifolia), in 1990. Early characterization data suggested the presence of both wide (pathotype A) and narrow (pathotype A* and Aw) host range Xcc strains in Iran. However, more recently a discriminant analysis of MLVA-31 and MLVA-14 data in 2014 showed that Iranian strains of Xcc have genetically belonged to the host-restricted pathotype A* but not to the pathotype A. This study was aimed for genomic characterization and phylogenetic analysis of a narrow-host-rang Iranian strain of X. citri sub. citri, NIGEB-88.Materials Methods: To determine genetic characteristics and phylogenetic relationships of Iranian strains, Illumina sequencing method was used to obtain a draft genome sequence of Xcc strain NIGEB-88.Results: General features of Iranian strain such as genome size, number of plasmids, average genomic GC content, number of CDS and structural RNA were similar to those of other Xcc pathotypes. Furthermore, studies of various potential virulence and host range determinants factors such as type III secretion system effectors, type IV secretion system and surface Lipopolysaccharides revealed that this pathogen is very close to XccA and XccAw strains.Conclusion: Phylogenetic and assessment of genes related to virulence and host specificity showed that XccA*NIGEB-88 is more closely related to other Iranian strain, XccA*NIGEB-386, and narrow-host-rang pathotype A*.