characterization of the full length p and m genes in a newcastle disease virus isolated from chicken farms in northeast of iran

Background: newcastle disease virus (ndv) is an avian pathogen that infects various birds worldwide. recurrent outbreaks of nd consistently occurring in iran cause substantial economic losses each year. the northeast region of iran has an extensive commercial poultry industry and is also a big exporter of poultry products to other countries. therefore, consistent and dynamic surveillance of the ndv’s prevalence in this geographic region is essential in controlling the disease. objectives: the virulence of the virus is determined based on the sequence of fusion (f) protein. however, though the phosphoprotein (p) and matrix (m) proteins of ndv are also involved in the evolution and pathogenicity of the virus, molecular evaluation of their genomic loci in the ndvs prevalent in iran is limited. here, we present data for the sequences of fulllength p and m genes belonging to an ndv that caused the nd outbreak of 2011 in the northeast of iran. methods: the genomic sequences encoding full-length p and m proteins as well as that of f protein were amplified using pcr and sequenced by the sanger sequencing. the obtained sequences, plus their translated proteins, were evaluated using various bioinformatics approaches, such as homology and phylogenetic analyses. results: phylogenetic analyses based on p, m, and f genes clustered our isolate together with vii.i.i genbank sequences from iranian sources reported from 2011 to 2019, as well as with those reported from china. but our isolate showed less homology to vaccine strains commonly used in iran. conclusions: our study showed that, in addition to the newly evolving sub-genotypes, vii.1.1 variants are still circulating in the region. the weak homology in determinant regions between this strain and those used for vaccine production must be considered in vaccination programs. further, the persistent presence of ndv genotypes already prevalent in the far east in iran highlights the importance of biosecurity management and dynamic surveillance in controlling nd.

بررسی توالی کامل ژن های فسفوپروتئین و ماتریکس ویروس نیوکاسل جدا شده از مزارع مرغ شمال شرق ایران

زمینه مطالعه : ویروس نیوکاسل از جمله عوامل بیماری زایی است که گونه های مختلف پرندگان را در سرتاسر جهان آلوده می کند. رخداد مکرر این بیماری در سال های اخیر و در نقاط مختلف ایران، خسارات اقتصادی قابل توجهی را به صنعت طیور کشور وارد کرده است. منطقه ی شمال شرق کشور از صنعت گسترده ای در زمینه ای بهداشت و پرورش طیور برخوردار است. بنابراین بررسی مداوم بیماری نیوکاسل در این منطقه، اهمیت بالایی در کنترل بیماری دارد. هدف: توالی ژن فیوژن، حدت ویروس نیوکاسل را تعیین می کند. علاوه بر آن، اهمیت توالی ژن های فسفوپروتئین و ماتریکس نیز در تکامل و حدت ویروس ثابت شده است. علی رغم این اهمیت، تاکنون ارزیابی مولکولی این ژن ها در ایران بسیار محدود بوده است. در این راستا، توالی کامل ژن P و M جدایه ای از ویروس به عنوان معرفی از عامل همه گیری گسترده ی بیماری در شمال شرق کشور در سال 2011 را مورد مطالعه قرار دادیم. روش کار: پس از تکثیر و شناسایی، توالی نوکلئوتیدی و آمینواسیدی جدایه ی مورد مطالعه توسط روش های بیوانفورماتیکی مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین همسانی، ترکیب آمینواسیدی و ارتباط فیلوژنتیکی این جدایه یا سایر سویه های گزارش شده از ایران و جهان مورد مقایسه قرار گرفت.نتایج: سویه ی مورد مطالعه از نظر توالی ، بیشترین شباهت را به سویه های با ژنوتیپ VII.I.I گزارش شده از ایران و چین نشان می داد. بررسی های فیلوژنتیکی، این سویه را در کنار توالی های سال های 2011 تا 2019 گزارش شده از ایران و همچنین توالی های کشور چین قرار داد. با این حال، این سویه فاصله ی ژنتیکی بیشتری نسبت به سویه های واکسینال و دیگر ژنوتیپ های شناخته شده در جهان را نشان می داد.نتیجه گیری نهایی: به طور کلی، مطالعات ما نشان می دهد که علی رغم ظهور ژنوتیپ های جدید ویروس نیوکاسل در ایران، تحت ژنوتیپ VII.I.I این ویروس نیز همچنان در حال گسترش می باشد. علاوه بر این، شیوع پایدار ژنوتیپ های ویروس نیوکاسل در شمال شرق کشور، اهمیت مدیریت امنیت زیستی و مطالعه ی فعال بیماری در منطقه را یادآور می شود.