molecular and in vivo characterization of an iranian infectious bursal disease virus containing a mixed virus population

Background: infectious bursal disease (ibd) is a highly contagious immunosuppressive disease of young chickens caused by infectious bursal disease virus (ibdv). ibdv consists of a two-segmented double-stranded rna genome which can easily undergo genomic recombination or reassortment during mixed infections. objectives: the objectives of this study were to characterize a previously identified iranian ibdv strain (jrmp29ir) in specific-pathogen-free (spf) chickens, evaluate the presence of a mixed and/or reassortant virus population in this strain, and examine the frequency of genomic recombination and reassortment in publicly available ibdv genomes through bioinformatics. methods: the spf chickens were challenged with the jrmp29ir strain via oral and intraocular routes. bursal tissues were extracted for histopathological evaluation and reverse transcription-polymerase chain reaction (rt-pcr) followed by sanger sequencing. putative recombinations and reassortments were evaluated using the recombination detection program 5. results: through genomic sequencing of the viruses from the bursas of infected chickens, the jrmp29ir strain was found to contain viruses from the classic, variant and very virulent ibdv genotypes. through bioinformatics, numerous putative recombination and reassortment events were identified that naturally occured throughout the ibdv genome. conclusions: parental jrmp29ir appears to be derived from a flock undergoing a mixed ibdv infection. high frequency of recombination and reassortment among ibdvs suggests that these events are evolutionarily beneficial for the virus.

تعیین هویت ملکولی و بالینی یک سویه ایرانی ویروس بیماری بورس عفونی حاوی جمعیت مخلوط ویروسی

زمینه مطالعه: بیماری بورس عفونی پرندگان، یک بیماری بسیار واگیردار و سرکوب‌کنندۀ سیستم ایمنی در مرغ‌های جوان است که به‌وسیلۀ ویروس بیماری بورس عفونی ایجاد می‌شود. ویروس بیماری بورس عفونی حاوی ژنوم دوقطعه‌ای از نوع RNA دو رشته‌ای است. پدیدۀ نوترکیبی و یا بازآرایی ژنتیکی در خلال عفونت همزمان با دو یا چند ژنوتیپ از این ویروس محتمل می‌شود.   هدف: اهداف این مطالعه، شامل تعیین هویت یک سویه از قبل شناسایی‌شده ویروس بیماری بورس عفونی (JRMP29IR) در مرغ‌های عاری از پاتوژن مشخص (SPF)، ارزیابی حضور جمعیت‌های مختلف ویروسی و یا واجد بازآرایی ژنتیکی در این سویه، و آزمایش فراوانی نوترکیبی یا بازآرایی های ژنومی در ویروس بیماری بورس عفونی به‌وسیلۀ بررسی توالی ژنومی موجود در بانک جهانی ژن از طریق روش‌های بیوانفورماتیک بوده است. روش کار: مرغ‌های SPF از طریق خوراکی و داخل چشمی با سویۀ JRMP29IR چالش داده شدند. بافت بورس پرندگان بیمار برای ارزیابی‌های هیستوپاتولوژیکی و تعیین توالی ژنوم ویروسی پس از انجام واکنش زنجیره‌ای پلیمراز رونویسی معکوس استخراج گردید. نوترکیبی و بازآرایی‌های ژنتیکی محتمل توسط نرم‌افزار Recombination Detection Program 5 ارزیابی شدند. نتایج: نتایج تعیین توالی ژنومی ویروس‌های جداشده از بورس‌های عفونی مرغ‌ها، حاکی از آن بود که سویۀ JRMP29IR حاوی ویروس‌هایی از ژنوتیپ‌های کلاسیک، واریانت و بسیار حاد بیماری بورس عفونی است. از طریق بیوانفورماتیک، تعداد قابل توجهی از وقایع محتمل نوترکیبی و بازآرایی، که به نظر می‌رسد به‌طور طبیعی در ژنوم ویروس بیماری بورس عفونی اتفاق افتاده‌اند، شناسایی گردید. نتیجه‌گیری نهایی: به نظر می‌رسد که سویه JRMP29IR از گله‌ای در خلال عفونت همزمان با چندین ژنوتیپ ویروس بیماری بورس عفونی جدا شده است. با توجه به فراوانی بالای نوترکیبی و بازآرایی در بین ویروس‌های بیماری بورس عفونی به نظر می‌رسد که این وقایع نقش پر اهمیتی در تکامل این ویروس‌ها در گذر زمان ایفا می‌کنند