identification and discrimination of salmonella enteritidis, s. pullorum, s. gallinarum and s. dublin using salmonella specific genomic regions amplification assay

Background: dna amplification method has been developed for identifying and discriminating salmonella serovars, using specific primers at the genus and serovar levels and to identify the s. enteritidis, s. dublin, s. gallinarum and s. pullorum. objectives: this study was conducted for molecular identification and discrimination among some important salmonella serovars. methods: fifty isolates of salmonella were assayed. the pcr assay was designed to amplify dna fragments from six salmonella genes, inva (284 bp), tcps (882 bp), lygd (339 bp), flhb (155 bp), slgc (252 bp), and spec (174 bp). results: the results showed inva and tcps genes presence in all four salmonella serovars, whereas the lygd gene only exists in s. enteritidis and is not found in s. dublin, s. gallinarum and s. pullorum. the flhb gene is only present in s. enteritidis and s. dublin whereas it does not exist in s. gallinarum and s. pullorum. the slgc gene exists in both s. gallinarum and s. pullorum, the spec gene is specifically present in s. gallinarum, whereas slgc and spec genes are not found in s. enteritidis and s. dublin. salmonella dublin serovar amplification assay successfully identified three selected serovar specific genomics regions (ssgrs) and hut gene. the results identify hut gene (495 bp), dsr1 (dublin- specific genomics region1) (105 bp), dsr2 (dublin-specific genomics region2) (203 bp), and dsr3 (dublin-specific genomics region3) (296 bp). conclusions: amplification techniques on salmonella serovars specific genomics regions are able to identify and discriminate clinically significant salmonella serovars, and therefore, have the possibility to be used as a useful and rapid screening assay and support conventional biochemical and serological examinations.

شناسایی وتفریق سرووارهای سالمونلا انتریتیدیس ، سالمونلا پلوروم ، سالمونلا گالیناروم و سالمونلا دابلین با استفاده از آزمایش تکثیرنواحی اختصاصی ژنومی

زمینه مطالعه: روش‌های تکثیر DNA برای شناسایی وتفریق سرووارهای سالمونلا، با استفاده از پرایمرهای اختصاصی در سطح جنس وسرووار طراحی شده ومورد مطالعه گرفته اند .از جمله سرووارهای مهم سالمونلا، سالمونلا انتریتیدیس، سالمونلا پلوروم، سالمونلا گالیناروم و سالمونلا دابلین می‌باشد. هدف: این مطالعه به منظور شناسایی مولکولی وتفریق بین برخی سرووارهای مهم سالمونلا انجام گرفته است. روش کار: 50 جدایه‌ی سالمونلا مورد آزمایش قرار گرفت، آزمایش برای PCRتکثیرقطعات 6 ژن سالمونلا طراحی شد invA (284bp)،اtcpS (882bp)،اlygD (339bp)،اflhB (155bp)،اSlgC  (252bp) و speC (174bp). نتایج: نتایج نشانگر حضور ژن هایinvA و tcpS در هر4 سرووار سالمونلا بود. در حالیکه ژن lygD تنها در سالمونلا انتریتیدیس حضور داشت، اما در سالمونلا دابلین، سالمونلا گالیناروم وسالمونلا پلوروم حضور نداشت، ژن flhH تنها در سالمونلا انتریتیدیس وسالمونلا دابلین حضور داشت ودر سالمونلا گالیناروم و سالمونلا پلوروم حضور نداشت، ژن SlgC در هر دو سرووار سالمونلا گالیناروم و سالمونلا پلوروم حضور داشت، ژن speC به طور اختصاصی در سالمونلا گالیناروم حضور داشت، این در حالی است که ژن‌های SlgC وspeC در سالمونلا انتریتیدیس وسالمونلا دابلین حضور نداشتند. آزمایش تکثیرنواحی ژنومی در سطح سرووار برای سالمونلا دابلین به طور موفقیت آمیزی 3 ناحیه‌ی ژنومی اختصاصی سرووار (SSGRs) وهمچنین ژنhut را شناسایی نمود. بر اساس نتایج تحقیق حاضر، ژنhut (495bp) وهمچنین ناحیه‌ی ژنومیک اختصاصی دابلین1 (bp 105) DSR1، ناحیه‌ی ژنومیک اختصاصی دابلین2 (bp 203) DSR2 و ناحیه‌ی ژنومیک اختصاصی دابلین3 (bp 296) DSR3 شناسایی شدند. نتیجه گیری نهایی: تکنیک‌های تکثیرDNA بر روی نواحی ژنومیک اختصاصی سرووارهای سالمونلا، قادر به شناسایی وتفریق سرووارهای بالینی سالمونلا مهم می‌باشند، بنابراین می‌توان از آن‌ها به عنوان آزمایش‌های مفید وسریع غربالگری ونیز در جهت تکمیل ویا جایگزین آزمایش‌های بیوشیمیای وسرولوژیکی استفاده نمود.