>
Fa   |   Ar   |   En
   population genetic analysis of zucchini yellow mosaic virus based on the ci gene sequence  
   
نویسنده moradi zohreh ,mehrvar mohsen ,nazifi ehsan
منبع journal of cell and molecular research - 2019 - دوره : 10 - شماره : 2 - صفحه:76 -89
چکیده    Zucchini yellow mosaic virus (zymv) is one of the most economically important viruses infecting cucurbits worldwide. population genetic analysis of zymv was conducted based on the virus cylindrical inclusion (ci) gene sequences of 10 isolates identified in this study and 94 other isolates from different countries in six continents: asia, europe, oceania, africa, north and south america. the overall mean value of nucleotide sequence diversity among all isolates was 0.074±0.006. phylogenetic analysis showed that zymv isolates fell into three main phylogroups with significant fst values (>0.55) and almost tended to cluster according to their geographical position. group i was predominant and contained isolates originated from different parts of the world. iranian isolates clustered into group i, sharing 87.7-99.7% and 92.5–100% nucleotide and amino acid identity, with other isolates of this group. group ii was a new group that included only singapore isolates. group iii including east timor, reunion island and australia- kununurra isolates which were genetically differentiated from other populations. zymv populations from different geographic origins were composed of multiple lineages. with exception of the oceanian population which was strongly differentiated from the american population, most other geographical populations showed low to moderate genetic differentiation. there was moderate to high level of gene flow despite large separating geographic distances. analysis of the synonymous-to-nonsynonymous ratio showed strong purifying selection in the ci gene. the analyses indicated that in addition to selection, random processes such as genetic drift and founder effects are important determinants for the genetic structure of populations of zymv.
کلیدواژه cylindrical inclusion ,evolutionary forces ,genetic variability ,zucchini yellow mosaic virus
آدرس ferdowsi university of mashhad, faculty of agriculture, department of plant pathology, iran, ferdowsi university of mashhad, faculty of agriculture, department of plant pathology, iran, university of mazandaran, faculty of basic sciences, department of biology, iran
پست الکترونیکی e.nazifi@umz.ac.ir
 
   بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ویروس موزائیک زرد کدو براساس توالی های ژن CI  
   
Authors مرادی زهره ,مهرور محسن ,نظیفی احسان
Abstract    ویروس موزائیک زرد کدو (ZYMV) یکی از مهمترین ویروسهای مهم اقتصادی در سراسر جهان است. هدف از این مطالعه بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت و تنوع ژنتیکی ZYMV جهت شناسایی عوامل مسبب این تغییرات ژنتیکی در جمعیت ویروس است. تجزیه و تحلیل ژنتیک جمعیت ZYMV بر اساس توالی ژن CI ویروس از 10 جدایه شناسایی شده در این بررسی و 94 جدایه دیگر از کشورهای مختلف در شش قاره: آسیا، اروپا، اقیانوسیه، آفریقا، آمریکای شمالی و جنوبی انجام شده است. میزان متوسط تنوع نوکلئوتیدی در بین تمام جدایه های ویروس، 0.006 ± 0.074 تخمین زده شد. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه های ZYMV به سه گروه اصلی با مقادیر بزرگ و معنی دار FST ( >0.55) تقسیم و تقریبا مطابق موقعیت جغرافیایی شان گروهبندی می شوند. گروه اول غالب بود و حاوی جدایی هایی از نقاط مختلف جهان بود. جدایه های ایرانی در گروه I کلاستربندی شده و به ترتیب دارای 87.799.7% و 92.5100% شباهت نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی با دیگر جدایه های این گروه بودند. گروه دوم یک گروه جدید بود که فقط شامل جدایه هایی از کشور سنگاپور بود. گروه سوم شامل جدایه هایی از تیمور شرقی، جزیره رئونیون و استرالیاKununurra بود که از نظر ژنتیکی متفاوت از سایر جمعیتها بودند. جمعیت ZYMV از مناطق مختلف جغرافیایی متشکل از اجداد چندگانه بود. به استثنای جمعیت اقیانوسیه که به شدت از جمعیت آمریکایی تمایز یافته بود، اکثر جمعیت های جغرافیایی تمایز ژنتیکی کم و متوسط داشتند. با وجود فاصله های جغرافیایی زیاد، جریان ژنی در سطح متوسط تا شدید وجود داشت. آنالیز dN/dS نشان داد که انتخاب منفی شدیدی در این ناحیه از ژنوم وجود دارد. بعلاوه تمام کدون های ژن CI تحت انتخاب منفی قرار داشتند. تجزیه و تحلیل ها نشان داد که علاوه بر فرآیند انتخاب، فرآیندهای تصادفی مانند رانش ژنتیکی و اثرات بنیانگذار، تعیین کننده های مهم ساختار ژنتیکی جمعیت ZYMV بوده به همراه دلایلی از تبادل بین المللی بذر، گیاه یا میوه های آلوده به ویروس.
Keywords Cylindrical inclusion; Evolutionary forces; Genetic variability; Zucchini yellow mosaic virus
 
 

Copyright 2023
Islamic World Science Citation Center
All Rights Reserved