ارزیابی کارایی نشانگر مولکولی scot در بررسی تنوع ژنتیکی توده های گیاه دارویی رازیانه (fueniculum vulgare)

یکی از قدیمی ترین گیاهان دارویی رازیانه (fueniculum vulgare) می باشد که در طب سنتی کاربرد فراوان دارد. در این تحقیق، تنوع ژنتیکی 16 توده ایرانی رازیانه تهیه شده از بانک ژن سازمان جنگل ها و مراتع با استفاده از 15 آغازگر scot (start codon targeted) مورد ارزیابی قرار گرفت. آغازگر های scot در مجموع توانستند 77 باند تولید کنند که از این تعداد، 4 باندیک شکل مشاهده شد. آغازگرهای sc5 و sc29 به ترتیب با 10 و 9 باند بیشترین تعداد و آغازگرهای sc10، sc26 و sc44 با 2 باند کمترین تعداد باند را نشان دادند. شاخص های محتوای اطلاعات چند شکلی (pic)، شاخص نشانگری (mi)، نسبت چندگانه موثر (emr) و شاخص قدرت تفکیک (rp) برای کلیه نشانگرها محاسبه گردید که با توجه به شاخص های محاسبه شده آغازگرهای sc15 و sc63 به عنوان بهترین آغازگرها جهت بررسی تنوع ژنتیکی رازیانه معرفی گردید. میزان شباهت ژنتیکی مشاهده شده براساس اطلاعات این نشانگرها برابر 0/66 بود. بیشترین تشابه ژنتیکی در میان توده 6 (اردبیل 1) با توده های 7 (اردبیل 2) و 8 (تهران 1)، و کمترین تشابه را توده 15 (قزوین) با 5 (یزد) داشت. نتایج حاصل از گروهبندی تجزیه خوشه ایبه روش upgma بر اساس ضریب تشابه جاکارد توده ها در 4 گروه قرار داد که بر اساس تجزیه به مختصات اصلی (pco) و تجزیه واریانس مولکولی (amova) گروه های حاصل از تجزیه کلاستر تایید گردید بر طبق این گروه بندی واریانس بین گروه ها در سطح 5% معنی دار بود، اما براساس واریانس برآورد شده سهم واریانس بین گروه ها تنها 24 درصد از تنوع کل بود.

Genetic Diversity among Fennel (Fueniculum Vulgare Mill.) Landrace using Scot Markers

Fennel (Foeniculum vulgare Mill.) is one of the wellknown medicinal and aromatic plants. To determine variability between 16 Iranian Fennel landrace based on molecular markers, this experiment was conducted in the biotechnology laboratory of Payame Noor University of Kermanshah in 2014. In this experiment, 16 landrace of the Foeniculum vulgare Mill. were selected from the Natural Resources Gene Bank of Iran of Research Institute of Forest and Rangeland. Landrace were evaluated based on 15 SCoT primers markers. All of the SCot primers showed 77 visible bands in which four bands were similar patterns. The SC5 and SC29 primers had the most number of bands with 10 and 9 bands respectively, while SC10, SC26 and SC44 with two bands showed the least band numbers. The Polymorphic information content (PIC), marker index (MI), EMR and RP indices were calculated for all primers. With this point of view, SC15 and SC63 were the best primers to identify variability among these Fennels. Total genetic similarity based on these primers was 66 percent. The greatest genetic similarity was between Ardabil1 with Ardabil2 and Tehran2 landrace. The lowest genetic distance was between Ghazvin and Yazd fennel landrace. Cluster analysis based Jakard coefficient by UPGMA was classified all genotype to four groups and this clustering was confirmed by principal coordinate (PCo) and analysis of molecular variance (AMOVA). Portion of between group variance was just 24 percent of total variance.