انتخاب کوچکترین ابر رشته در DNA با استفاده از الگوریتم ازدحام ذرّات
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
رنجیر غلامعلی ,خادمی آقمشهدی فاطمه
|
|
منبع
|
پژوهشنامه اصلاح گياهان زراعي - 1394 - دوره : 7 - شماره : 15 - صفحه:31 -39
|
|
چکیده
|
یک رشته dna را می‌توان رشته ای بسیار طولانی روی الفبایی با 4 حرف در نظر گرفت. تعداد زیادی از دانشمندان سعی در رمزگشایی این رشته دارند. از آنجاییکه این رشته بسیار طولانی است، ابتدا بخش‌های کوتاه تری از آن که با هم همپوشانی دارند رمزگشایی می‌شود. البته مکان اصلی این بخش‌ها در dna اصلی مشخص نیست. به نظر می‌رسد کوتاه ترین رشته‌ای که این بخش‌ها زیر رشته‌ای از آن می‌باشند تقریب مناسبی برای رشته dna اصلی باشد. لذا این پژوهش بر آن است به ارایه یک الگوریتم تکاملی جهت انتخاب کوتاهترین ابررشته در یک dna بپردازد. مسیله عملی مورد بحث در این پژوهش، مسیله کوتاه ترین ابررشته ssp1 است. در این راستا، با استفاده از الگوریتم بهینه‌سازی ازدحام ذرات pso2 که در رده الگوریتم‌های تکاملی قرار دارد و با استفاده از زبان برنامه‌نویسی متلب نسخه r2011a به حل این مسیله پرداخته شد. در مقایسه با مسیله حل شده توسط الگوریتم ژنتیک، نتایج الگوریتم ازدحام ذرات روش برتری است.
|
|
کلیدواژه
|
DNA ,کوتاه ترین ابررشته مشترک ,الگوریتم بهینه‌سازی ازدحام ذرات
|
|
آدرس
|
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری, ایران, دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری, ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|