بررسی فیلوژنتیکی چند ژنوتیپ بو‌می‌و غیربو‌می‌لوفا (luffa cylindrica) با استفاده از نشانگر its

مقدمه و هدف: لوفا ‌luffa cylindrica گیاهی از خانواده کدوییان است و علاوه بر مصرف خوراکی میوه بالغ سبز، خواص دارویی و بهداشتی روغن بذر، به‌علت بافت اسفنجی فیبری میوه‌های خشک آن دارای اهمیت می باشد. لوفا دارای نوعی اسفنج طبیعی است که خواص فیزیک وشیمیایی منحصر به فردی دارد. در بین ارقام مختلف لوفا تنوع زیادی از لحاظ شکل، اندازه، کیفیت اسفنج و غیره وجود دارد که بررسی آن به متخصصین اصلاح نباتات در شناسایی ظرفیت ژنتیکی صفات مرتبط با اهداف اصلاحی مهم یاری خواهد کرد. مواد و روش‌ها: در این تحقیق تنوع ژنتیکی پنج ژنوتیپ بو‌می‌گیاه لوفا مربوط به استان های مازندران، کرمان، سیستان و بلوچستان، و سه ژنوتیپ ‌غیربو‌می‌ مربوط به کشورهای چین، برزیل و اسپانیا از طریق ارزیابی ناحیه ﻓﺎﺻﻠﻪ اﻧﺪاز داﺧﻠﯽ (its (internal transcribed spacer ریبوزو‌می‌ مورد بررسی قرار گرفت. پس از نمونه برداری ، استخراج ‌دی ان ای به روش دلاپورتا از برگ‌های جوان انجام شد و واکنش زنجیره ای پلیمراز  با استفاده از یک جفت پرایمر its صورت گرفت. قطعات تکثیر شده پس از توالی یابی و تعیین کیفیت هم ردیف سازی شده و دندروگرام روابط فیلوژنتیک و ماتریس تفاوت و تشابه توالی ها تعیین و ترسیم شدند. یافته‌ها: از مجموع 703 جایگاه، 175 جایگاه دارای حذف و اضافه (170مونومورف و 5 پلی‌مورف) و 528 جایگاه بدون حذف و اضافه بودند. بیش‌ترین جانشینی‌ها برای توالی its از نوع متقاطع (55/5 درصد) بود و تنها 44/5 درصد جانشینی‌ها از نوع نوع انتقالی  بود. همچنین در ناحیه مورد مطالعه its به‌طور میانگین نسبت تیمین 9/18، سیتوزین 8/28، آدنین 9/19 و گوانین 4/32 درصد کل نوکلئوتیدها بود. هم‌چنین مقدار متوسط عددی نسبت dn/ds برابر با 0/86 بود. میانگین کلی فاصله ژنتیکی بین نمونه‌های مورد بررسی برای نشانگرits با استفاده از دلmaximum composite  0/107 بود. نتیجه‌گیری: بررسی قرابت‌ها در تحقیق حاضر با استفاده از ناحیه بین ژنی its  نشان‌دهنده وجود تنوع درون گونه‌ای در ژنوتیپ‌های لوفا مورد مطالعه بود، اما فواصل ژنتیکی نسبتاً کم بین ژنوتیپ ها شاید بیانگر ضعف نسبی این مارکر در مطالعات ژنتیکی گیاه مورد مطالعه باشد. بنابراین جهت نتیجه‌گیری دقیق‌تر، پیشنهاد ‌می‌شود این مارکر به عنوان بارکد مکمل با سایر مارکرها استفاده شود. 

phylogenetic analysis of some indigenous and non-indigenous luffa (luffa cylindrica) genotypes using its marker

introduction and objective: luffa is a plant from the cucurbitaceae family with the scientific name of luffa cylindrica. in addition to the food consumption of mature green fruit and the medicinal and health properties of seed oil, it is important due to the fibrous spongy texture of its dried fruits. there is a great variety in terms of shape, size, quality of sponge, etc. among different cultivars of luffa, the study of which helps plant breeders to identify the genetic capacity of traits associated with its important breeding goals.material and methods: in this study, the genetic diversity of 5 indigenous lufa genotypes related to mazandaran, kerman, sistan and baluchestan provinces, and 3 nonindigenous genotypes related to china, brazil and afghanistan were studied by evaluating the its (internal transcribed spacer) ribosome region. after sampling of young leaves, dna was extracted by dellaporta method, and pcr was performed using a pair of its primers. after sequencing and qualification, amplified products were aligned and dendrogram of phylogenic relationships and difference and similarity matrix of sequences were determined.results: in this research, from a total of 703 sites, 175 sites had deletion and addition (170 monomorphes and 5 polymorphs) and 528 sites were lake of deletion and addition. most of the substitutes for the its sequence were transversion (55.5%), and only 44.5% of the substitutes were transitional type. also, the mean ratio of thymine, cytosine, adenine and guanine was 9.18, 8.28, 19.9 and 42.4% of the total nucleotides. the average numerical value of dn / ds ratio was 0.86. the overall average of the genetic distance between the samples examined, for the its marker, using the maximum composite model was 0.107.conclusion: studying the relationships between tested genotypes based on the its region, as analyzed in this study, showed the presence of intraspecies variation in the genotypes of luffa aegyptiaca studied. however, relatively low genetic distances between genotypes may indicate the relative weakness of this marker in the genetic studies of luffa. therefore, for a more accurate conclusion it is suggested that this marker is be used as a supplementary barcode with other markers.