شناسایی مسیرها و ژن‎های کاندید مقاومت به بیماری آسکوکیتا در یک واریته موتانت نخود به روش آنالیز Rna-Seq

نخود در طول دوره رشد با تنش های زیستی و غیرزیستی مختلفی درگیر است. سوختگی آسکوکیتایی یکی از مخرب ترین تنش‌های زیستی کاهنده عملکرد این محصول می‌باشد. اصلاح برای دست یابی به ارقام مقاوم مهم ترین روش برای مقابله با این بیماری است. بررسی الگوی بیان ژن ها و مشخص کردن ژن های مقاوم به بیماری با استفاده از تکنیک rna-seq اطلاعات ارزشمندی را در اختیار اصلاحگران قرار می دهد. در این تحقیق الگوی بیان دو واریته حساس (c-727) و مقاوم (c-88) به بیماری آسکوکیتا تحت آلودگی، مورد بررسی قرار گرفت. استخراج rna از برگ های گیاهان تحت بیماری آسکوکیتا انجام گرفته به همین منظور سه نمونه بیولوژیک ادغام شده و یک نمونه از هر واریته مورد توالی یابی قرار گرفت. توالی یابی با illomina hiseq انجام شد. و کتابخانه rna عاری از rna ریبوزومی تهیه گردید درنتیجه 82848250 خوانش از cm88 و 72346680 خوانش از c727 به دست آمد. در مجموع 3106 ژن با بیان افتراقی مشخص گردید. از این بین 1546 ژن در cm88 نسبت به c727 کاهش بیان و 1560 ژن افزایش بیان داشتند. پس از آنالیز kegg، 1285 ژن در 122 مسیر زیستی kegg قرار گرفتند. از 1285 ژن، 627 ژن در واریته cm88 نسبت به واریته c727 کاهش بیان داشته و 607 ژن افزایش بیان داشتند. نتایج آنالیز kegg نشان داد مسیر nglycan biosynthesis، مسیر سنتز اسید آمینه آرژنین و یک عامل رونویسی که در القای هورمون های مربوط به سیگنال های دفاعی نقش دارند ممکن است در مقاومت به بیماری آسکوکیتا در واریته های مورد مطالعه نقش داشته باشند.

Identification of Pathways and Candidate Genes Associated with Resistance to Ascochyta Blight in a Mutant Chickpea Variety using RNA-Seq Analysis

Chickpea is involved in biotic and abiotic stresses during its growing period. Ascochyta blight is the most significant fungal disease that causes main yield defection in chickpea. Breeding to obtain resistant cultivars is the most important method for coping with Ascochyta blight. Evaluation of the pattern of gene expression and identification of resistant genes using RNASeq technique provides valuable information for breeders. In present research the transcriptome profile of a C727 as sensitive variety and CM88 as a resistance variety were investigated. RNA extracted from the leaves of the plants under Ascochyta infection. following by preparation of depleted RNA library from rRNA. Then, sequencing was performed by illumina genome analyzer deep sequencing. An approximately 84653468 (C727) and 97400784 (CM88) raw reads were generated. In total, 3106 genes were determined by differential expression. From 3106 genes in CM88, 1546 genes showed the decrease in expression and 1560 genes showed the increase in expression than C727. After KEGG analysis, 1285 genes were recognized in 122 biological pathways. from 1285 genes, 627 and 607 genes were down and up regulated in CM88. The results of the KEGG analysis and the pattern of expression of the genes showed that the NGlycan biosynthesis pathway and the pathway for the synthesis of amino acid arginine and a transcription factor that induced hormones related to defense signals was enriched with enhanced expression genes consequently they may play a role in resistance to ascochyta in the varieties studied.