>
Fa   |   Ar   |   En
   بررسی تنوع مولکولی نواحی فاصله انداز رونویسی شونده داخلی (Its1,4) در برخی ژنوتیپ های کاهو  
   
نویسنده جمعه قاسم آبادی زهرا ,فاخری براتعلی ,فاضلی نسب بهمن
منبع پژوهشنامه اصلاح گياهان زراعي - 1398 - دوره : 11 - شماره : 29 - صفحه:29 -39
چکیده    کاهو از خانواده کاسنیان، برگی، سرمادوست یک ساله، غنی از مواد معدنی، ویتامین ها و مواد مغذی است. هدف تحقیق حاضر ارزیابی تنوع ژنتیکی 15 رقم و جمعیت کاهو با استفاده از ناحیه its بود. کیفیت توالی ها با استفاده از نرم افزار chromas 2.1.1 بررسی و سپس با روش clustalw توسط نرم افزار megalign 5 هم ردیف سازی شده و دندروگرام روابط تبار زایی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی ها ترسیم گردیدند. همچنین مقایسه ای بین کاهوهای مورد استفاده در این تحقیق و سایر گیاهان جنس های مختلف خانواده کاسنیان (ارائه شده در سایت ncbi) صورت گرفت. مقدار عددی نسبت (dnds) برابر 0.015 بود که نشان دهنده انتخاب خالص بر ژن مورد بررسی بوده و باعث تغییرات کلیدی نشده است. تجزیه خوشه ای، ژنوتیپ های مختلف کاهو را در 3 گروه تقسیم و نتوانست بر اساس موقعیت جغرافیایی از هم تفکیک کند؛ اما توانست کاهوهای این تحقیق و سایر گیاهان جنس های مختلف خانواده کاسنیان را از هم تفکیک کند. لذا می توان نتیجه گرفت که its می تواند ابزاری مناسب جهت ارزیابی های ژنتیکی بین گونه ای و بین جنسی باشد. کمتر از یک بودن عدد dnds و تعداد کم جایگاه های حذف و اضافه (از 1551 جایگاه، 376) نشان دهنده تغییرات کم بین لاین های مختلف بوده لذا شاید عدم توانایی its در تفکیک درون گونه ای جمعیت ها به همین دلیل باشد. با توجه به اینکه منشا یا خواستگاه اولیه گیاهان متعلق به مراکزی است که بیشترین تنوع را دارند و چون جمعیت های کاهو ورزنه اصفهان دارای بیشترین تنوع بودند در نتیجه ضرورت دارد در جمع آوری ژرم پلاسم های کاهو جهت بهره برداری های اصلاح نژادی به منطقه ورزنه اصفهان توجه بیشتری شود.
کلیدواژه کاهو، تنوع ژنتیکی، Dn/Ds، Its
آدرس دانشگاه زابل, دانشکده کشاورزی, گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی, ایران, دانشگاه زابل, پژوهشکده کشاورزی, گروه پژوهشی زراعت و اصلاح نباتات, ایران, دانشگاه زابل, دانشکده کشاورزی, گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی, ایران
پست الکترونیکی bfazeli@uoz.ac.ir
 
   Study of the Molecular Diversity of Internal Transcribed Spacer Region (ITS1.4) in Some Lettuce Genotypes  
   
Authors fazeli-nasab bahman ,fakheri baratali ,jomeh ghasem abadi zahran
Abstract    Lettuce is belong to the Cichorium family with leaf consumption, Annual cold weather plants and rich in minerals, vitamins and nutrients. The aim of the present study was to evaluate the genetic diversity of 15 varieties and lettuce populations using the ITS area. Sequence quality was evaluated using Chromas 2.1.1 software, aligned by MegAlign 5 software and then similarity matrix and dendrogram of phylogenic relationships of Lettuce sequences were conducted using Mega 6 software. Also, a comparison was conducted among the lettuce were used in this research and other plants of the Asteraceae genus family (presented on NCBI site). The numerical value of the ratio (dN/dS) was 0.015, which indicates a pure selection in the examined gene and has not caused any key changes. Cluster analysis split the different genotypes of lettuce into 3 groups and could not differentiate by geographical location but it could separate the lettuce of this research and other plants from different species of the Asteraceae family related by NCBI. Therefore, it can be concluded that ITS can be a suitable tool for genetic evaluations among genus and among species. The inability of ITS marker to separate the intraspecies of populations it could be because dN/dS was less than and a small number of deletion and insertion sites (376 out of 1551 positions) indicating low variation between different genotypes and populations. Considering that the Initial origin of the plants is belong to the centers that are most diverse and because varzaneh Lettuce populations of Isfahan have the most varieties, as a result, it is necessary to pay more attention to the Varzaneh region of Isfahan to collection of lettuce germplasms for breeding programs.
Keywords Genetic Diversity ,Lactuca sativa L ,ITS
 
 

Copyright 2023
Islamic World Science Citation Center
All Rights Reserved