تنوع مولکولی و تجزیه فیلوژنتیکی شتر ترکمن و گونه‌های مختلف شتر بر‌اساس توالی ژن سیتوکروم b

شتر یکی از دام‌های بسیار مهم در مناطق خشک و بیابانی می‌باشد و با توجه به تغییرات اقلیمی، به‌عنوان حیوان مطلوب برای این مناطق مستلزم نگاه علمی دقیق‌تری است. مطالعات اندکی در رابطه با تنوع و خصوصیات ژنتیکی آن در مقایسه با سایر گونه‌های دامی صورت گرفته است. شناخت خصوصیات ژنتیکی می‌تواند در تعیین استراتژی‌های حفظ تنوع ژنتیکی و اصلاح نژاد کمک کند. به‌منظور بررسی ساختار جمعیتی و تنوع ژنتیکی موجود در بین و درون گونه‌های مختلف شتر می‌توان از نشانگر‌های موجود بر روی dna میتوکندری استفاده نمود. هدف این مطالعه مقایسه تنوع ژنتیکی با استفاده از توالی سیتوکروم b میتوکندری شتر تک‌کوهانه ترکمن با شترهای تک‌کوهانه،‌ دو‌کوهانه و گونه‌های شتر بدون کوهان بود. برای این منظور، توالی کامل سیتوکروم b به‌طول 1140 جفت باز در شتر ترکمن با استفاده از روش توالی‌یابی کل ژنوم به‌دست آمد و با توالی سیتوکروم b در 42 نفر شتر تک‌کوهانه، 31 نفر شتر دوکوهانه وحشی، 121 نفر شتر دوکوهانه اهلی، شترهای بدون کوهان وحشی شامل 31 راس گواناکو (lama guanicoe) و شش راس ویکونا-ویکونا (vicugna vicugna) و شترهای بدون کوهان اهلی شامل شش راس لاما گلاما (lama glama) و پنج راس آلپاکا (lama pacos) مورد مقایسه قرار گرفتند. شترهای تک‌کوهانه ایرانی با شترهای دوکوهانه وحشی ارتباط ژنتیکی داشتند، به‌طوری‌که ماده شترهای دوکوهانه وحشی با شترهای نر تک‌کوهانه آمیزش داده شده‌اند. به نظر می‌رسد که شترهای تک‌کوهانه دارای مادران دوکوهانه وحشی در شجره خود، به‌طور کامل از کشور ایران می‌باشند.

molecular diversity and phylogenetic analysis of turkmen camel and different species of camels based on cytb gene sequence

introduction: camels play a major role in the life of people in parts of africa and asia, especially in the desert areas. today, camels are important for sustainable livestock production species in many arid regions of the world. camels are economically important in terms of meat, milk and wool production in the desert. due to climate change, camel as a desirable animal for arid areas, requires more extensive scientific view. according to fao statistics, about 95% of 35 million humped camels worldwide are single-humped camels. the cytochrome b sequence is part of the mitochondrial dna, passing from mother to offspring’s, can be used to elucidate genetic diversity and evolutionary history within and between different species. the aim of this study was to compare the genetic diversity using cytochrome b sequence in turkmen camel and its genetic relationship with one and two-humped camels. in addition, the genetic relationship of within and between different species of camels has been objected.materials and methods: after preparing a blood sample from the abdominal vein of turkmen camel, dna extraction was performed using salting out method. turkmen camel sequencing was performed using illumina highseq 2000. sequencing creates 150 bp reads of the genome sequence. the reads were assembled by denovo method using clc software and the contig of containing the cytochrome b gene was isolated based on the reference gene, nc_009849. relevant data were obtained to compare the cytb reference gene in new (lamini) and old (camelini) world species of camels. to study the genetic diversity of the camel species, a total of 42 one-humped camels, 31 wild tow-humped camels, 121 domestic tow-humped camels, and wild lamas including 31 guanicoe (lama guanico) and 6 vicogna-vicogna (vicogna vicogna) and domestic llamas including 6 lama glama and 5 alpaca (lama pacos) were compared. the alignment of cytb gene sequence samples of different species was performed using clc genomics workbench 12 software. then the number of gaps, the number of differences and identities were obtained. a phylogenetic tree was drawn to investigate the genetic relationships between and within species. sequences of turkmen camels and other iranian and arabian one-humped camels along with other species were analyzed for alignment using clc software. phylogenetic tree of dna and proteins sequences of the gene was performed using neighbor joining method with jukes-cantor protein distance size with 1000 bootstrap replications.results and discussion: dna extraction based on spectrophotometry was 304 ng/μl and was suitable for sequencing. after sequencing, 589,326,158 readings of 150 base-pairs containing more than 88 billion bases were obtained.