تجزیه‌وتحلیل رونوشت نای در جوجه‌های گوشتی spf آلوده به برونشیت عفونی پرندگان

برونشیت عفونی پرندگان (infectious bronchitis) یک بیماری حاد و بسیار مسری دستگاه تنفسی فوقانی است که توسط ویروس برونشیت عفونی (infectious bronchitis virus) ایجاد می‌شود. این ویروس از خانواده کرونا ویریده (coronaviridae) است و دارای سرو‌تیپ‌ها و سویه‌های متعددی است. تکثیر سریع همراه با نرخ جهش و نوترکیبی بالا از دلایل اصلی تنوع بالای مشاهده‌شده است. ضریب تبدیل غذایی و میانگین افزایش روزانه در جوجه‌های گوشتی تحت تاثیر قرار می‌گیرد و عفونت اغلب با عفونت‌های باکتریایی ثانویه همراه است. در مرغ‌های تخم‌گذار، ibv باعث کاهش تولید و کیفیت تخم‌مرغ می‌شود. امروزه بیماری ibv یکی از مهم‌ترین بیماری‌های اقتصادی در صنعت طیور است. در مطالعه حاضر، پروفایل‌های رونویسی بافت نای گروه آلوده (ibv) با گروه کنترل برای بررسی تغییرات مشخصات رونوشت در مراحل اولیه عفونت مورد مطالعه قرار گرفت. پس از چالش جوجه‌های spf با ویروس برونشیت عفونی واریانت 2 ibv is1494 (gi23)، از بافت نای برای استخراج rna استفاده شد و تغییرات در رونوشت با فن illumina rnaseq بررسی شد. ژن‌های تغییر‌بیان‌یافته (degs) در رونوشت نای شناسایی شدند. دسته هستی‌شناسی ژن، مسیر kegg برای شناسایی روابط بین ژن‌های متفاوت بیان‌شده مورد تجزیه‌وتحلیل قرار گرفت. به‌طورکلی، در گروه آزمایش تعداد ژن‌های افزایش بیان یافته بیشتر از ژن‌های کاهش‌بیان‌یافته بود. در گروه آزمایشی، پاسخ ایمنی شدیدتر رخ داد. از ژن‌های تنظیم‌شده مهم در این گروه مسیر سیگنال‌دهی گیرنده شبه toll، مسیر آپوپتوتیک، مسیر ‌سیگنالینگ mapk بود. نتایج این مطالعه می‌تواند یک نمای کلی از تغییرات رونوشت در نای در مراحل اولیه عفونت با ویروس برونشیت عفونی پرندگان (ibv) ارائه دهد.

Trachea transcriptome analysis in SPF broiler chickens infected with avian infectious bronchitis

Avian infectious bronchitis (IB) is an acute and highly contagious disease of the upperrespiratory tract caused by the infectious bronchitis virus (IBV). The virus is a member of the Coronaviridae family and has numerous serotypes and strains. Rapid replication combined with high mutation rate and recombination are the main causes of the observed high diversity.Feed conversion and average daily gain are affected in broilers, and infection is often followed by secondary bacterial infections. In layers, IBV causes a reduction in egg production.Today, IB is one of the most economically important diseases in the poultry industry. Transcriptional profiles of trachea tissue of the infected group (IBV) were studied with control group to evaluate changes in transcriptome profile at the early stages of infection. After the challenge of SPF chickens with IBV IS1494 like (GI23, the trachea tissue was used for RNA extraction, and changes in the transcriptome were investigated by Illumina RNAseq technique. Upregulated and downregulated differentially expressed genes (DEGs) in the transcriptome of trachea were identified. Gene ontology category, KEGG pathway were analyzed to identify relationships among differentially expressed genes. In general, the numbers of upregulated genes were higher than of downregulated genes in experimental group. In the experimental group, a more severe immune response occurred; an important upregulated genes in this group’s was Tolllike receptor signaling pathway, apoptotic pathway, MAPK signaling pathway. Results of this study could provide a general overview of transcriptome changes in the trachea at the early stage of infection with avian infectious bronchitis (IBV) virus.