روش‌‌های طبقه‌‌بندی فایتوپلاسماها

فایتوپلاسماها پروکاریوت‌های تخصص‌یافته و انگل اجباری بافت آبکش گیاه و حشرات ناقل هستند. از آنجایی که این موجودات در شرایط آزمایشگاهی کشت نمی‌‌شوند، امکان استفاده از بسیاری از آزمون‌‌های مرسوم فنوتیپی که برای تاکسونومی مالیکوت‌‌های کشت‌پذیر به‌‌کار می‌‌رود، برای فایتوپلاسماها وجود ندارد. این امر اهمیت ویژگی‌‌های مولکولی و فیلوژنتیکی را نسبت ‌‌به خصوصیات فنوتیپی در تعیین موقعیت تاکسونومیک فایتوپلاسماها نشان می‌‌دهد. در دهة گذشته روش‌‌هایی برپایة بیولوژی و ژنتیک مولکولی، مانند مقایسة توالی نوکلئوتیدی بخشی از rna ریبوزومی، این امکان را فراهم کرده است که روابط تکاملی و فیلوژنی بین جدایه‌‌های مختلف فایتوپلاسماها با یکدیگر و با سایر پروکاریوت‌‌ها دقیق‌‌تر مشخص شود. مقایسة توالی نوکلئوتیدی بخشی از ژن s rrna16 یا ناحیة بین ژنی s16 s23 و trnaile هنوز برای آنالیز تعداد زیادی از فایتوپلاسماهای ناشناخته (در مقیاس وسیع) استفاده می‌‌شود. گروه‌‌بندی زیرخوشه با استفاده از مناطق کمتر محافظت‌‌شده، مانند ژن کدکنندة پروتئین ریبوزومی و ناحیة بین ژن‌‌های s16 و s23، ژن هدف عمومیcpn60، ژن کدکنندة پروتئین seca، ژن secy، ژن پروتئین ریبوزومی (rp) و ژن tuf انجام می‌‌شود.

Phytoplasma Classification Methods

Phytoplasmas are specialized prokaryotes and obligate parasites of plant and insect vectors. Because these organisms are not culturable in vitro, many of the conventional phenotypic tests used for the taxonomy of cultured maillots are not applicable to phytoplasmas. This indicates the importance of molecular and phylogenetic properties in relation to phenotypic properties in determining the taxonomic position of phytoplasmas. In the last decade, methods based on biology and molecular genetics, such as comparing the nucleotide sequence of a portion of ribosomal RNA, have made it possible to establish evolutionary and phylogenetic relationships between different isolates of phytoplasmas with each other and with other prokaryotes. Comparison of the nucleotide sequence of a part of the 16S rRNA gene or the 16S23S and tRNAIle gene regions can still be used to analyze a large number of unknown (largescale) phytoplasmas. Subgroup clustering is done using less conserved regions, such as the ribosomal proteincoding gene and the 16S and 23S intergenic, the general cpn60 target gene, the SecA coding gene, the secY gene, the ribosomal protein (rp) gene, and the tuf gene.