طراحی پایگاه اطلاعاتی مولکولی محلی برای تسهیل شناسایی زیستگاههای گونه‌‌های پستانداران شاخص در ایران

شناسایی و حفاظت از زیستگاهها در راستای حفاظت از حیات وحش امری ضروری است. شناسایی زیستگاههای برخی از گونه‌‌ها نظیر برخی پستانداران که تراکم جمعیت کمی در طبیعت دارند، نیازمند به‌‌کارگیری تکنیکی کاربردی در این زمینه است. انجام مطالعات مولکولی روی نمایه‌‌های زیستی بر‌‌جای‌‌مانده از پستانداران در طبیعت و توالی‌‌یابی ژنوم، فرآیند شناسایی زیستگاهها و همین‌‌طور پایش جمعیت آنها را تسهیل کرده است؛ بنابراین طراحی و راه‌‌اندازی پایگاه اطلاعاتی مولکولی محلی در راستای شناسایی توالی‌‌های به‌‌دست‌‌آمده از نمایه‌‌های پستانداران و درنهایت، تسهیل شناسایی زیستگاههای آنها هدف اصلی این پژوهش است؛ بدین منظور گونه‌‌هایی از پستانداران ایران که براساس قوانین ملی یا برپایۀ iucn در طبقات حفاظتی قرار داشتند و همچنین گونه‌‌های پستاندار پی‌‌سنگ برای مطالعه انتخاب شدند. نمونه‌‌برداری به روش غیر‌‌تهاجمی از گونه‌‌های مختلف پستاندار از سراسر ایران انجام گرفت. دو ناحیۀ ژنی dloop و coxi توالی‌‌یابی شدند؛ سپس توالی‌‌های گونه‌‌های منتخب، متعلق به ژن‌‌های میتوکندریایی dloop، coxi و cyt b نیز از ncbi اخذ و پایگاه اطلاعاتی مولکولی محلی با استفاده از نرم‌‌افزار blast تهیه و راه‌‌اندازی شد. عملکرد پایگاه اطلاعاتی مولکولی محلی طراحی‌‌شده با استفاده از یک توالی query سنجیده شد و پایگاه، توالی query را به‌‌طور صحیح بازشناخت. این پایگاه شناسایی زیستگاه پستانداران مطالعه‌‌شده را با استفاده از شناسایی توالی‌‌های متعلق به نمایه‌‌های زیستی باقی‌‌مانده از آنها در زیستگاهها مقدور می‌‌سازد و به رفع چالش‌‌های موجود درزمینۀ شناسایی زیستگاهها برای برنامه‌‌ریزی‌‌های حفاظتی کمک شایانی خواهد کرد.

Designing a Local Molecular Database to Facilitate the Identification of Mammal Species Habitats in Iran

Abstract Identification and protection of habitats are essential to protect wildlife. Identifying the habitats used by some mammal species with low population density requires the application of practical techniques in this field. Molecular studies on mammalian remains in nature and genome sequencing have facilitated the process of identifying habitats as well as monitoring their populations. Therefore, designing and launching a local molecular database to identify the sequences obtained from mammalian remains and ultimately facilitate the identification of their habitats is the main purpose of this study. For this purpose, some Iranian mammal species that were in conservation categories according to national laws or IUCN criteria, as well as the keystone species, were selected for this study. The noninvasive sampling of different mammalian species was performed from all over Iran and two gene regions including Dloop and COXI were chosen for sequencing. Additional sequences of the selected species belonging to Dloop, COXI, and Cyt b mitochondrial genes were also obtained from NCBI and a Local Molecular Database (LMD) was prepared. The performance of the LMD was determined using a known query sequence, and the database recognized the query sequence correctly. This database potentially enables the correct identification of the studied mammals’ habitats by identifying sequences belonging to species that remain in their habitats and resolves the existing challenges in the field of habitat identification and conservation planning.