|
|
|
|
مروری بر تحلیل ساختار جمعیت با نشانگرهای مولکولی غالب و معرفی نرم‌افزار جدید structureasy
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
شریفی تهرانی مجید
|
|
منبع
|
تاكسونومي و بيوسيستماتيك - 1397 - دوره : 10 - شماره : 36 - صفحه:35 -48
|
|
چکیده
|
تحلیل ساختار ژنتیکی جمعیت‌ها براساس نشانگرهای مولکولی عموماً با استفاده از سه برنامۀ کامپیوتری structure، clumpp و distruct به‌طور متوالی انجام می‌شود. دو برنامۀ clumpp و distruct واسط گرافیکی کاربر ندارند و برای اجرای آنها لازم است پژوهشگر ویژگی‌های فایل‌های ورودی و خروجی و تنظیمات مربوط به انتخاب الگوریتم‌ها و شاخص‌ها را در خارج از برنامه‌های اصلی به‌طور دستی آماده کند. تاکنون نرمافزارهای کمکی مختلفی برای تسهیل کار نوشته شده‌اند که بیشتر به‌طور آنلاین یا وابسته به پکیج آماری r هستند. در مقالۀ حاضر با مرور اهداف و روش‌های تحلیل ساختار جمعیت با استفاده از داده‌های نشانگرهای مولکولی دامیننت، برنامۀ کامپیوتری جدید structureasy که روند تحلیل‌ها را تسریع می‌کند و به آشنایی با زبان برنامه‌نویسی نیاز ندارد، معرفی می‌شود. این برنامه به‌شکل متن باز و دارای واسط گرافیکی ساده و قابل‌اجرا در محیط microsoftoffice است. کاربرد آن در استخراج ماتریس‌های q و اتصال آنها به نرمافزارهای پایین‌دست و فراهم‌کردن سرعت و دقت بیشتر برای تحلیل ساختار ژنتیک جمعیت با استفاده از نشانگرهای چندلوکوسی است. این برنامۀ کامپیوتری در محیط بانک اطلاعاتی microsoft access 2016 اجرا می‌شود و تمام تنظیمات و عملیات استخراج داده‌ها بین نرمافزارهای structure، clumpp و distruct را برای افزایش سرعت و دقت انجام می‌دهد.
|
|
کلیدواژه
|
ژنتیک جمعیت، ساختار، برنامۀ کامپیوتری، clumpp ,distruct ,structure ,structureasy
|
|
آدرس
|
دانشگاه شهرکرد, دانشکده علوم پایه, گروه زیست‌شناسی, ایران
|
|
پست الکترونیکی
|
msht.ir@gmail.com
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
A Review on the Analysis of Population Genetic Structure using Dominant Molecular Markers and Introducing the New Program STRUCTUREasy
|
|
|
|
|
Authors
|
Sharifi-Tehrani Majid
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|