شناسایی ژن‌های کلیدی در متاستاز ملانوما و بررسی قابلیت آن‌ها به‌عنوان بیومارکر

زمینه و هدف: با توجه به آمار بالای ابتلای جهانی به سرطان پوست و مرگ‌ومیر بالای ناشی از ملانوم، شناسایی ژن های درگیر در این بیماری و پیش‌بینی داروهای موثر حائز اهمیت است ازاین‌رو، در این مطالعه به شناسایی و بررسی سطح بیان ژن‌های موثر و کلیدی در متاستاز ملانوما و هم‌چنین بررسی پتانسیل تشخیصی آن‌ها، به‌عنوان مارکرهای زیستی و یافتن داروهای موثر بر بیان این ژن‌ها پرداخته‌شده است.روش اجرا: در این مطالعه، از پایگاه داده geo و از مطالعه gse15605 با 74 نمونه شامل 16 نمونه نرمال، 46 نمونه سرطانی فاقد متاستاز و 12 نمونه سرطانی با متاستاز استفاده‌ شده است. پروفایل بیان ژن‌ها در این مطالعه توسط پلتفرم gpl570، حاوی 54675 پروب تولیدشده است. آخرین فایل انوتیشن gpl570 بارگیری و پردازش های اولیه انجام شد.یافته‌ها: نتایج نشان داد سطح بیان ژن‌های کاندید در نمونه‌های متاستازی نسبت به نمونه‌های نرمال نیز، تغییر بیان معناداری داشته است. نتایج حاصل از آنالیز داده‌های مرتبط با ژن‌های کاندید در این مطالعه نشان داد داروهای glucosamine، ade2f1 plus doxorubicn، gsi، torcetrapib، ribavirin و nsc319726 می‌توانند به‌ترتیب بر بیان ژن‌های myh10، sprr3 و top2a موثر باشند. ازطرفی نتایج حاصل از پایگاه بانک دارو نشان داد داروهای مختلفی مانند amsacrine، dexrazoxane، valrubicin و teniposide، می‌توانند نقش مهارکننده ژن top2a را داشته باشند.نتیجه‌گیری: از پایگاه geo جهت شناسایی ژن‌های کلیدی در متاستاز ملانوما و از drugbank، برای شناسایی داروهایی که بر بیان این ژن‌ها تاثیر دارند، استفاده شد.

Identification of key genes in melanoma metastasis and investigating their potential as biomarkers

Background and Aim: Considering the high global incidence of skin cancer and the high mortality rate caused by melanoma, it is important to identify the genes involved in this disease and predict effective drugs. Therefore, in this study, we have identified and investigated the expression level of effective and key genes in melanoma metastasis, as well as investigating their diagnostic potential as biological markers and finding effective drugs on the expression of these genes. Methods: In this study, we have used 46 cancer samples without metastasis and 12 cancer samples with metastasis from the GEO database and from the GSE15605 study with 74 samples including 16 normal samples. Gene expression profile in this study was generated by GPL570 platform containing 54675 probes. The latest GPL570 annotation file has been downloaded and initial processing was done. Results: The results showed that the expression level of candidate genes in metastasis samples had a significant change compared to normal samples. The results of analysing the data related to candidate genes in this study indicated that the drugs Glucosamine, AdE2F1 plus Doxorubicn, GSI, Torcetrapib, Ribavirin and NSC319726 could be effective on the expression of MYH10, SPRR3 and TOP2A genes, respectively. On the other hand, the results from the drug bank database revealed that various drugs such as Amsacrine, Dexrazoxane, Valrubicin, Teniposide can have an inhibitory role on the TOP2A gene. Conclusion: GEO database was used to identify key genes in melanoma metastasis and DRUGBANK was used to identify drugs that affect the expression of these genes.