شناسایی ژن‌های کلیدی و مسیرهای درگیر در بیماری ویتیلیگو ولگاریس با تجزیه و تحلیل شبکه‌ی ژنی

زمینه و هدف: ویتیلیگو بیماری مزمن پوست و مو است که با ازدست‌دادن ملانین مشخص می شود و درصورت عدم درمان معمولاً پیشرونده و غیرقابل برگشت است. هدف از مطالعه‌ی حاضر شناسایی ژنهای درگیر در بیماری زایی ویتیلیگو بود. روش اجرا: یک مجموعه‌ی داده‌ی بیان mrna مرتبط با بیماری ویتیلیگو با کد (gse65127) از پایگاه داده ژنتیک عمومی (geo) استخراج گردید. ژن های افتراقی بیان‌شده توسط نرم افزار r مشخص گردید. سپس شبکه‌ی ژنی با استفاده از سایت string ترسیم و داده ها به‌نرم افزار cytoscape جهت تعیین صد ژن برتر منتقل گردید. در پایان با استفاده از نرم افزار gephy شبکه‌ی ژنی ترسیم و مسیرهای متابولیکی ده ژن برتر با استفاده از سایت enrichr مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. یافته‌ها: در مقایسه با گروه کنترل، ده ژن برتری که با بیان بیشتر به‌دست آمدندعبارتنداز tp53، hnrnpa2، srsf1، pten، cdc42، egfr، eif4a1، myb، hnrnph1 و sf381 و ده ژن برتر با بیان کمتر نسبت به کنترل عبارتندازcdh2، lep، kit، gria2، spp1، nrxn1، runx2، pdgfrb، nes و myh11. مسیرهای متابولیکی مرتبط با ژن‌های افزایش بیان‌یافته شامل melanogenesis، renin secretion و pancreatic secretion و مسیرهای متابولیکی مرتبط با ژن‌های کاهش بیان‌یافته شامل prostate cancer، epithelial cell signaling in helicobacter pylori infection و melanoma هستند. نتیجه‌گیری:شناسایی ژن های افتراقی بیان‌شده در ویتیلیگو می تواند به درک ما از بیماری‌زایی آن کمک کند. هم چنین از این ژن ها می توان به عنوان اهداف دارویی برای درمان استفاده کرد.

Identification of key genes and pathways involved in vitiligo vulgaris by gene network analysis

Background and Aim: Vitiligo vulgaris is an acquired, chronic skin and hair condition characterized clinically by loss of melanin, which, if untreated, is typically progressive and irreversible. The aim of the present study was to identify potential genes involved in the pathogenesis of vitiligo.Methods: One dataset of mRNA expression in patients with vitiligo (GSE65127) were obtained from the Gene Expression Omnibus (GEO). Differentially expressed genes (DEGs) were identified using R package. The interactive information among DEGs and the PPI network was obtained using the STRING online database. Functional and pathway enrichment analyses of these DEGs were performed from EnrichR and hub genes and modules of the PPI network were visualized and analyzed by Gephi.Results: Compared with the normal control group, ten upregulated genes (P<0.05) were identified including TP53, HNRNPA2, SRSF1, PTEN, CDC42, EGFR, EIF4A1, MYB, HNRNPH1, SF381, and CDH2, LEP, KIT, GRIA2, SPP1, NRXN1, RUNX2, PDGFRB, NES, MYH11 as downregulated genes. Upregulated DEGs were enriched in three pathways including prostate cancer, epithelial cell signaling in helicobacter pylori infection and melanoma pathways. Downregulated DEGs were enriched in three pathways including melanogenesis, Renin secretion and pancreatic secretion pathways.Conclusion: Identifying DEGs in vitiligo may contribute to our understanding of its pathogenesis, and such DEGs may be used as drug targets for treatment.