شبیه سازی برهمکنش آنزیم انتگراز hiv-1 با مهارکنندگان آن به کمک روش دینامیک ملکولی

طراحی و استفاده از مهارکنندگان آنزیمی علیه آنزیم‌های ویروسی یکی از راه‌های نوین و کارآمد در درمان بیماری‌های ویروسی است. این مهارکنندگان از طریق غیرفعال کردن آنزیم‌های حیاتی می‌توانند چرخه تکثیر ویروس‌ها را مختل و با محدود کردن جمعیت آنها از انتشار عفونت‌های ویروسی جلوگیری کنند. در این زمینه آنزیم انتگراز ویروس hiv-1 دارای اهمیت ویژه‌ای است. تاکنون برای این انتگراز سه مهارکننده طراحی، تائید و جهت استفاده درمانی معرفی شده ‌است که عبارتند از، رالتگراویر، اِلویتگراویر و دولوتگراویر. در تحقیق حاضر و به‌منظور مطالعه مکانیسم ملکولی عملکرد این مهارکنندگان، ابتدا به‌کمک روش داکینگ هر کدام از این مهارکنندگان در جایگاه مناسب روی آنزیم قرار داده شدند و پس از انتخاب بهترین حالت اتصال دارو کمپلکسهای حاصل جداگانه به مدت 10 نانو ثانیه در شرایط شبه طبیعی شبیه سازی شدند تا برهم کنش مهار کننده ها با انتگراز مطالعه شود. نتایج حاصل نشان می دهد که داروی دولوتگراویر نسبت به سایر داروها اثرات برجسته‌تری بر ساختار انتگراز اعمال می‌کند. این مهارکننده همچنین باعث کاهش انعطافپذیری پروتئین به‌خصوص در ناحیه ویژه لوپ (باقیمانده های 140 تا 150) می‌گردد که این امر منجر به کاهش تمایل اتصال انتگراز به dna ویروس می‌شود. بر اساس یافته‌های این تحقیق به‌نظر می‌رسد که ساختار دولوتگراویر می‌تواند مدل مناسبی برای طراحی آنالوگهای ساختاری کارآمدتر باشد