مقایسه تنوع میکروبی دوغ گوسفندی عشایر ناحیه سومار به کمک روش های نسل جدید توالی‌یابی و مولکولی وابسته به کشت

برخی مردم نگران مصرف مواد غذایی ارگانیکی هستند که احتمالا توسط ریزسازواره های بیماری زا آلوده شده اند، زیرا برخی از این مواد غذایی تحت شرایط بهداشتی ضعیف تولید می شوند. هدف از این مطالعه ارزیابی کیفیت بهداشتی دوغ گوسفندی از عشایر سومار و شناسایی کل جامعه میکروبی آن به‌خصوص باکتری های اسید لاکتیک می باشد. مجموع 40 باکتری اسید لاکتیک از 3 نمونه دوغ گوسفندی جدا گردید. این جدایه ها براساس روش مولکولی وابسته به کشت، توسط تکثیر ژن 16s rrna با پرایمرهای یونیورسال27f و 1492r و توالی‌یابی، به‌صورت lactobacillus apis 20% lactobacillus ultunensi,10% pediococcus argentinicus, 10% و lactobacillus delbrueckii 40% شناسایی گردیدند. این شناسایی توسط روش مولکولی مستقل از کشت براساس نسل جدید توالی یابی آمپلیکون های ژن 16s ribosomal rna کامل شد. نواحی v3 و v4 از ژن 16s rrna تکثیر شد و توسط پلتفرم illumina miseq توالی‌یابی گردید. این داده ها با نرم‌افزار basespace و بانک اطلاعاتی greengenes آنالیز گردید. جامعه میکروبی دوغ گوسفندی برپایه نسل جدید توالی یابی در سطح جنس به‌صورت 94.08% lactobacillus، 1.07% pediococcus، 0.33% streptococcus، 0.20% enterococcus، 0.11% candidatus blochmannia، 0.11% alkalibacillus، 0.06% cohnella و 3.02% باکتری غیرقابل طبقه بندی شناسایی شدند. در سطح گونه به‌صورت 24.82% lactobacillus equicursoris، 51.81% lactobacillus delbrueckii، 3.61% lactobacillus apis، 2.79% lactobacillus ultunensis، 0.86% lactobacillus taiwanensis، 0.85% lactobacillus gigeriorum، 0.42% pediococcus argentinicus و 13.64% باکتری غیرقابل طبقه بندی شناسایی شدند. روش نسل جدید توالی‌یابی در شناسایی تنوع میکروبی دوغ صحیح تر و بهتر شناخته شد. نتایج نشان داد دوغ گوسفندی عشایر سومار از کیفیت ضعیف بهداشتی برخوردار است اما هیچ باکتری بیماری زایی در این محصول شناسایی نگردید.