تعیین هویت مولکولی و آنالیز فیلوژنتیکی ویروس طاعون نشخوارکنندگان کوچک در سال‌های 95 و 97 در استان قم

طاعون نشخوارکنندگان کوچک (ppr) بیماری ویروسی بسیار واگیر، شدید و کشنده نشخوارکنندگان کوچک است.  چهار دودمان (lineage) ویروس ppr بر اساس تحلیل توالی ژن نوکلئوپروتئین (n) و فیوژن (f) شناخته شده است.  هدف از این مطالعه، بررسی تعیین هویت مولکولی و آنالیز فیلوژنتیکی ویروس طاعون نشخوارکنندگان کوچک در رخدادهای ppr سال های 95 و 97 در استان قم بوده است.  10 نمونه ی بافتی (غدد لنفاوی مزانتر) پس از کالبدگشایی از حیوانات مشکوک بالینی جمع آوری شد و وجود ویروس ppr  با روش rt-pcr یک مرحله ای مورد بررسی قرار گرفت.  بررسی توالی قطعه ای از  ژن نوکلئوپروتئین (n) و آنالیز فیلوژنتیکی نمونه هایی که در rt-pcr مثبت بودند جهت تعیین دودمان جدایه ها انجام گرفت.  از 10 نمونه بالینی مورد بررسی، 40 درصد آن ها بر اساس بررسی اسید نوکلئیک ویروس با روش rt-pcr مثبت بودند.  آنالیز توالی نوکلئوتیدی و تجزیه فیلوژنتیکی جدایه ها نشان داد که جدایه های به دست آمده در رده ی آسیایی (دودمان iv) ویروس ppr قرار دارد.  نتایج فیلوژنتیک این مطالعه، حضور ویروس ppr دودمان iv را در میان دام های مبتلا به طاعون نشخوارکنندگان کوچک استان قم، تایید می‌کند.  بنابراین این مطالعه نشان می دهد که جدایه‌های pprv ایران به دودمان چهارم مربوط می شوند و با جدایه های prpv پاکستان، تاجیکستان و هند ارتباط نزدیک دارند.  توصیه می شود به منظور ترسیم دقیق تری از وضعیت حضور و چرخش دودمان یا دودمان‌های ویروس ppr در ایران، مطالعات بیش تری از دیگر مناطق کشور به خصوص نواحی مرزی انجام گیرد.

Molecular detection and phylogenetic analysis of Peste des petits ruminant’s virus in QOM Province 2016 and 2018

AbstractBackground: Peste des Petits Ruminants (PPR) is a severe, highly infectious and fatal viral disease of small ruminants. Four lineages of PPR virus have been identified globally based on sequence analysis nucleoprotein (N) and fusion (F) gene. The aim of this study was molecular detection and phylogenetic analysis recently circulating PPR virus in small ruminants in QOM Province in Iran. A total of 10 anti-mortem samples (mesenteric lymph node) were collected from clinically suspicious animals and examined for the presence of PPRV by a one-step RT-PCR assay. Samples positive with RT-PCR were subjected to subsequently genetically characterized by sequencing of the nucleoprotein (N) gene and phylogenetic analysis of PPR virus (PPRV) strains.Results: Of the 10 clinical samples examined, 40.0% were positive with RT PCR for viral nucleic acid. The nucleotide sequence and phylogenetic analysis indicated that these isolates were clustered genetically with Lineage IV isolates of the PPRV.Conclusion and discussion: phylogenetic analysis and molecular findings of this study confirmed active lineage IV PPRV infections among goat populations in QOM Province.This study and latter studies revealed that the Iranian PPRV isolates belong to lineage IV and are closely related to the Pakistan, Tajikistan and India isolates of PRPV. We recommended that more studies should be done from other parts of the country, especially the border areas, in order to more accurately illustrate the status and circulation of the active lineage of the PPR virus in Iran.