بررسی تفاوت بیان ژن Rasgrp3 در پاسخ پرنده به آنفلوانزا نسبت به پرنده‌ی سالم با استفاده از آنالیز داده‌های بیان ژن و Pcr کمی

ژن rasgrp3 یکی از ژن هایی است که اثرگذاری آن بر پیامد آلودگی آنفلوانزا در میزبان بسیار محتمل است.  این ژن پاسخ التهابی را کاهش داده و در واقع آستانه ای برای ممانعت از پاسخ التهابی شدید که منجر به آسیب بافت های میزبان می شود، تنظیم می نماید.  به منظور بررسی دخالت این ژن در پاسخ میزبان به آنفلوانزا از آنالیز داده های ترنسکریپتوم موجود در پایگاه های داده ای و سپس pcr کمی استفاده نمودیم.  در این راستا از سه مطالعه ی مرتبط با بیان ژن های میزبان در پاسخ به آنفلوانزا استفاده شد تا تغییرات بیان ژن مورد نظر در حالت آلودگی نسبت به حالت سلامت، مورد بررسی قرار گیرد.  سپس بر روی نمونه های آلوده شده با سویه ی h5n1، pcr کمی انجام گردید.  آنالیز داده های ترنسکریپتوم در نرم افزار r و با استفاده از پکیج metade و روش آماری fisher، تفاوت بیان ژن rasgrp3 را با احتمال بسیار بالا تایید نمود.  نتایج realtime pcr نشان داد که این ژن در پاسخ به سویه ی h5n1 به طور معنی داری کاهش بیان یافت.  این نتایج نشان می دهد ژن rasgrp3 از ژن های کاندید قوی در مکانیزم تنظیمی پاسخ میزبان به آنفلوانزاست که می تواند با دخالت در مکانیزم دفاعی میزبان منجر به تنظیم شدت پاسخ به آلودگی شده و بر پیامد آلودگی و بقای پرنده پس از جدال با ویروس اثر بگذارد.

study of differential expression of rasgrp3 in the bird’s response to aiv infection compared to non-infected birds using transcriptomic analysis and real-time pcr

rasgrp3 is one of the genes which are probably effective in the outcome of influenza infection. this gene reduces the inflammatory response and sets a threshold to decrease intensive response which usually causes harm to host tissues. in order to evaluate the role of this gene in the host response to influenza infection, we analyzed transcriptomic data available in data banks and then performed realtime pcr. we used 3 transcriptomic experiments to study the gene expression changes through infection compared to control groups. then, we performed realtime pcr on h5n1 infected samples. transcriptomic data analysis using r software and metade package via fisher statistical method confirmed the differential expression of rasgrp3 significantly. realtime pcr results indicated that rasgrp3 was down regulated in response to h5n1, significantly. the results show that rasgrp3 is one of the strong candidate genes in host regulatory mechanisms against influenza infection which can set the intensity of host response through regulating the defensive system and can also affect the outcome of infection and survival.