تعیین ژنوتیپ‌هایdrb3 از مجتمع عمده پذیرش بافتی گاومیش با روش تحلیل دقیق دمای شکافت

مجتمع عمده ی پذیرش بافتی (mhc) نقشی مهم در پاسخ‌های ایمنی دارد و تنوع مولکول‌های آن با توانایی شناخت و پاسخ به پپتیدهای بیگانه مرتبط است.  در میان ژن‌های mhc گاوسانان، ژنوتایپینگ drb3 برای بررسی‌های ژنتیک جمعیت و ارتباط mhc با صفات ایمنی و صفات تولیدی کاربرد بیش تری دارد.  در این تحقیق اگزون دوم ژن bubudrb3 با روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز افزوده شد و سه روش تحلیل دقیق دمای شکافت (hrm)، تحلیل الگوهای برش آنزیمی (rflp) و تعیین توالی مستقیم برای تعیین ژنوتیپ drb3 گاومیش مورد استفاده قرار گرفتند تا امکان استفاده از روش hrm و یا جایگزینی آن با سایر روش‌‌ها مورد ارزیابی قرار گیرد.  نتایج نشان داد که روش hrm با نتایج تعیین توالی و rflp تطابق دارد و می‌توان از آن برای ژنوتایپینگ ژن drb3 گاومیش بهره برد.  به نظر میرسد استفاده از روش تحلیل دقیق دمای شکافت کاربرد زیادی در بررسی تنوع ژن‌های mhc پیدا کند.  اگر چه با این روش نمی‌توان آلل‌های هر کرومزوم را تشخیص داد ولی با توجه به ماهیت هم‌بارز ژن‌های mhc، نتایج آن برای بررسی تنوع و ارتباط ژنوتیپ با فنوتیپ ایمنی قابل قبول خواهد بود.

Genotyping of buffalo major histocompatibility complex DRB3 genes using high resolution melting point analysis

Major histocompatibility complex (MHC) play a major role in immune responses. Polymorphisms at MHC molecules are associated with the recognition and response to nonselfpeptides. Among Bovinae MHC genes, DRB3 is currently used for population genetic and disease association studies. In the present study, the second exon of BubuDRB3 was amplified by polymerase chain reaction (PCR), and polymorphisms were detected by three methods of Highresolution melting (HRM), restriction fragment length polymorphisms (RFLP) and direct sequencing. We aimed at genotyping of buffalo DRB3 gene, investigating the feasibility and compatibility of HRM with the current methods. Results of HRM analysis was in concordance with RFLP and direct sequencing. HRM analysis can be used as an analytical method for a large number of buffalo samples. We have concluded that HRM analysis can be used for genotyping of DRB3 and MHC diversity as well as genotype and phenotype association studies. However, lack of allelic discrimination is a notable limitation in HRM method.