شناسایی عامل لکه برگی پامچال در استان مازندران با استفاده از توالی ژن‌های rpoD و dnak

بیماری لکه برگی ناشی از گونه‌ای زانتوموناس در پامچال وحشی (primula vulgaris) در چند منطقه جنگلی استان مازندران گزارش شده است (rahimian. 1995. 12th iran. plant protec. cong.,278). براساس یک بررسی ژنومی از تعیین توالی ناحیه its و ژن16s rrna گزارش گردید که برخی از جدایه‌های عامل لکه برگی پامچال نزدیک به گونه x.campestris می‌باشند(rahimian et al. 2008. 18th iran. plant protec. cong.,420)، ولی اطلاع دقیقی از موقعیت تاکسونومیکی این جدایه‌ها در دسترس نیست. بررسی حاضر به منظور ارزیابی موقعیت تاکسونومیکی جدایه های به‌دست آمده از چند منطقه جنگلی استان مازندران انجام گرفت. ازکشت نمونه‌های پامچال دارای علایم لکه برگی، جدایه‌هایی با کلنی های محدب زرد رنگ و لعابدار روی محیطnas به‌دست‌آمد. واکنش فوق حساسیت پس از تزریق سوسپانسیون باکتری به برگ‌های شمعدانی بعد از 24 ساعت و بیماری‌زایی روی برگ‌های پامچال پس از 7 تا 14 روز به اثبات رسید. نقوش الکتروفورزی پروتیین‌های سلولی اختلاف چندانی میان جدایه‌ها نشان نداد. از نظر ویژگی های فنوتیپی جدایه ها بسیار شبیه هم بوده و فقط در مصرف اسید سیتریک به عنوان منبع کربن اختلاف نشان دادند. dna ژنومی جدایه‌ها استخراج و با به‌کارگیری آغازگرهای dnakو rpod قطعاتی از این دو ژن با pcr در شرایط توصیه شده پارکینسون و همکاران (parkinson et al. 2007. int. j. syst. evol. microbioi. 57:2881-2887) ولی با کاهش دمای مرحله اتصال (annealing) تکثیر شد. محصول pcr در ژل آگارز 1% الکتروفورز و ژل در محلول ژل رد (gel red) رنگ‌آمیزی شد. به‌ترتیب دو قطعه 965 و736 bp از ژن‌های dnakو rpod تکثیر گردید. به منظور امکان تفکیک محصولpcr جدایه‌ها از یکدیگر هضم محصول حاصل از تکثیر ژن‌هایdnak و rpod با آنزیم bamhiصورت گرفت. از ضریب تشابه جاکارد برای تعیین تشابه جدایه ها و از روش upgamaو نرم‌افزار ntsys برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. نمونه های انتخاب شده براساس نتایج rflp، توالی‌یابی شد. توالی نوکلیوتیدی به‌دست آمده، پس از همردیف‌سازی چندگانه (multiple sequence alignment) با برنامه mega4 با سایر توالی‌های مربوط به این ناحیه در گونه‌های مختلف xanthomonas موجود در ژن بانک (ncbi) مقایسه شدند. نتایج به‌دست آمده نشان داد جدایه‌ها در سطح تشابه 98% با گونه xanthomonas hortorum شباهت داشته و احتمالاً به پاتوار گزارش نشده‌ای از این گونه تعلق دارند. این اولین گزارش از جدایه‌هایی از گونه x.hortorum به عنوان عامل بیماری لکه برگی در پامچال است.