تبارزایی، تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ویروس زردی بافت مرده باقلا براساس ترادف نوکلئوتیدی قطعه ‌ژنومی m

ویروس زردی بافت مرده باقلا (faba bean necrotic yellows virus, fbnyv) از جنس nanovirus، عامل ایجاد خسارت شدید حبوبات در کشورهای شمال آفریقا، جنوب آسیا و اروپا به شمار می رود. پس از تعیین ترادف نوکلئوتیدی کامل قطعه ژنومی m تعداد 17 جدایه میزبانی و جغرافیایی این ویروس از ایران، تحلیل های مختلف مولکولی این ویروس براساس این قطعه ژنومی مربوط به تمام جدایه‌های در دسترس ویروس مورد بررسی قرارگرفت. رسم درخت تبارزایی بر اساس ترادف نوکلئوتیدی قطعه ژنومی m نشان داد که جدایه های fbnyv در دنیا در سه شاخه مجزا، شامل جدایه های ایران و آذربایجان به عنوان شاخه ای مستقل، قرار می گیرند. تخمین فواصل ژنتیکی زیرجمعیت های میزبانی ویروس، نشانگر شواهدی از نقش سازگاری میزبانی در انتخاب طبیعی fbnyv بود. وجود جریان ژنی بین زیرجمعیت‌های ایران و آذربایجان و نیز زیرجمعیت های اسپانیا و قاره آفریقا نشانگر ارتباط خاستگاه این زیرجمعیت ها است. بیشترین تنوع ژنتیکی قطعه ژنومی m ویروس در زیرجمعیت مرکز ایران برآورد شد. همچنین شاخص dn/ds کمتر از یک این قطعه ژنومی ویروس بیانگر اعمال فشار انتخاب منفی بر پروتئین حرکتی fbnyv است. در بررسی احتمال وقوع نوترکیبی در قطعه ژنومی m این ویروس، وقوع هفت از نه رخداد نوترکیبی در جدایه های ایرانی fbnyv ردیابی شد. این اولین گزارش از آلودگی نخودفرنگی به ویروس زردی بافت مرده باقلا از ایران است. همچنین ترادف کامل قطعه ژنومی m جدایه های لوبیا و نخودفرنگی این ویروس برای اولین بار در دنیا به دست آمد.

Phylogeny, genetic diversity and population structure of Faba bean necrotic yellows virus based on the nucleotide sequence of DNA-M

Faba bean necrotic yellows virus (FBNYV) causes severe yield losses and crop failure in legumes in the north African, south Asian and European countries. Following nucleotide sequencing of DNA-M segment of 17 host and geographical FBNYV isolates in Iran, different molecular analysis were performed based on all available DNA-M sequences of FBNYV. Based on constructed phylogenetic tree using nucleotide sequence of DNA-M component, FBNYV isolates were grouped into three clades, including isolates from Iran and Azerbaijan as a distinct clade. Genetic distance studies of FBNYV host subpopulations revealed some evidences of host adaptation in FBNYV natural selection. High gene flow was found among Iran – Azerbaijan and Spain – Africa subpopulations, indicating the relationship of their origins. Maximum genetic diversity of DNA-M was estimated in the central subpopulation of Iran. The dN/dS (Ѡ) value less than 1 represented the negative selection pressure on the movement protein of the virus. Seven out of nine recombination events were detected in DNA-M of Iranian FBNYV isolates. This is the first report of the FBNYV infection on pea from Iran. In the current study, the complete DNA-M nucleotide sequences of French bean and pea isolates of FBNYV were determined for the first time in the world.