کارایی نشانگر مولکولی scot در بررسی تمایز دو گونه‌ lolium perenne و lolium multiflorum

چچم یکی از گیاهان مهم علوفه ای در مناطق سردسیری جهان می باشد و در شرایط مختلف آب و هوایی رشد می کند. تنوع ژنتیکی دو گونه  بین نه ژنوتیپ از lolium perenne و نه ژنوتیپ از lolium multiflorum با استفاده از 15 نشانگر مولکولی scot بررسی شد. آغازگر های scot در مجموع 86 باند تولید کردند که از این تعداد 12 باند یک‎شکل مشاهده شد و سایر باندها چند‎شکل بودند. آغازگرهای sc35، sc36 و sc26 به‎ترتیب با 9 و 8 باند بیشترین تعداد باند و آغازگرهای sc10 و sc44 با 2 و 3 باند کمترین تعداد باند را نشان دادند. بیشترین میزان محتوای اطلاعات چند‎شکلی (pic) مربوط به آغازگرهای sc5، sc40، sc35، sc63، sc13، sc44، sc26، sc21 و sc10 بود. به‌طوری‌که بیشترین میزان شاخص قدرت تفکیک (rp)، شاخص نشانگری (mi) و نسبت چندگانه موثر (emr) را آغازگرهای sc35 و sc26 داشتند. تشابه ژنتیکی ژنوتیپ‏های مورد بررسی با استفاده از ضریب تشابه جاکارد از 0.35 تا 0.91 متغیر بود و میانگین تشابه بین ژنوتیپ‏ها برابر 0.64 بود. بر اساس تجزیه خوشه‎ای ژنوتیپ ها در 2 گروه قرار گرفتند، به‎طوری‌که گونه ها به‎صورت صد در صد از یکدیگر تفکیک شدند. این نتایج با نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی (pcoa) تایید شد. تجزیه واریانس مولکولی (amova) بر اساس گونه های یکساله و چند ساله نشان داد که تنوع در درون گونه ها برابر 51% و در بین گونه ها برابر 49% بود. بر اساس شاخص های هتروژنتیکی مورد انتظار (he) و شاخص شانون (i) بیشترین تنوع درون گونه ای و تنوع ژنی مربوط به گونه l. multiflorum بود.

Application of SCoT marker to discriminate Lolium perenne and Lolium multiflorum species

Lolium is an important cool season grass species growing in different climates. To identifyvariation among nine Lolium multiflorum and nine Lolium perenne genotypes, this experimentwas carried out based on 15 SCoT molecular markers. All of the SCoT primers showed 86visible bands. Seventy four out of 86 bands were polymorphs. Primers SC35, SC36 and SC26(with 9 and 8 bands respectively) showed the highest number of bands and SC10 and SC44(with 2 and 3 bands) showed the lowest number of bands. The greatest number of band forpolymorphic information content (PIC) belonged to SC5، SC40، SC35 ،SC63 ،SC13, C44،SC26 ،SC21and SC10. The greatest Resolving Power (RP), Marker Index (MI), EffectiveMultiplex Ratio (EMR) belonged to SC35 andSC26 primers. Genetic similarity based onJaccard coefficient ranged from 0.35 to 0.91. Mean similarity between the genotypes was 0.64.Cluster analysis grouped genotypes into two groups. The results of clustering was confirmed byprincipal coordinate (PCo) analysis. Analysis of molecular variance of annual and perennialspecies revealed that variation within species was 51% and variation between species was 49%.Based on heterogeneity (He) and Shannon indices (I), the highest intraspecific variability andgene variation belonged to L. Multiflorum.