شناسایی mirna‎ها و ژن‎های هدف مرتبط با آنها در گیاه شبدر قرمز (trifolium pratense)

میکروآرنا‎ها (mirna) یک رده از rna‎های تنظیم‎کننده کوچک درونی و غیرکدکننده پروتئینی که متشکل از حدود 18-22 نوکلئوتید بوده و تنظیم بیان ژن را در سطح رونویسی و پس از رونویسی ژن بر عهده دارند و طبق تحقیقات انجام شده نقش‎های اساسی در فرایندهای نموی، زمان گلدهی و پاسخ به تنشهای زیستی و غیرزیستی ایفا می‎کنند. تاکنون روش‎های متفاوتی برای شناسایی mirna‎ها، معرفی شده است که عبارتند از: روش نورترن بلات، ریزآرایه، qrt-pcr و روش‎های بیوانفورماتیکی. در این میان ساده‌ترین و کم‌هزینه‎ترین روش شناسایی mirna‎ها، روش بیوانفورماتیکی می‎باشد. در این مطالعه با یک رویکرد بیوانفورماتیکی با هدف شناسایی mirna متمایز در گیاه شبدر قرمز مبتنی بر جستجوی همولوژی بین est‎های گیاه شبدر قرمز و mirna‎ها انجام شد. به‎طوری‌که ابتدا در آن همه توالی‎های est‎های گیاه شبدر قرمز از بانک اطلاعاتی ncbi در برابر mirna‎های شناخته شده blastn شدند که در نهایت یک mirna کاندید متمایز در گیاه شبدر قرمزشناسایی شد. در مجموع شش ژن هدف پیش‎بینی شده برای این mirna نیز شناسایی شد و این ژن‎های هدف عمدتا کدکننده مونود هیدرو اسکوربات ردوکتاز1 ) برقراری تعادل گونه‎های فعال اکسیژن در چرخه اسکورباتگلوتاتیون(، پروتئین fes1 )یک پروتئین حاوی دومین انگشت روی چسبنده به dna)، پروتئین rhf2a )یوبی کوئیتین لیگاز e3 دخیل در پیشبرد گامتوژنز(، rna هلیکاز وابسته به atp )تعمیر و متابولیسم rna)، پروتئین‎های انتقالی mfs )تسهیل‎کننده حرکت املاح کوچک از عرض غشای سلولی در پاسخ به گرادیانت شیمواسمزی( و در نهایت پروتئین at-hook )یک موتیف متصل شونده به (dna نیز بودند.